公司扣除出差补贴是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：

一、出差补贴的性质与法律规定

出差补贴，通常是企业为了补偿员工因出差而产生的额外费用（如交通、住宿、餐饮等）或额外劳动而给予的一种经济补助。其性质并非工资，而是一种福利或补偿。在法律层面，对于出差补贴的具体规定可能因地区、行业及企业政策而异，但一般而言，企业有权根据自身情况制定出差补贴政策。

二、合法扣除出差补贴的情形

1. 员工违反公司规定：如果员工在出差过程中违反了公司的相关规定（如未按照公司要求选择住宿、交通方式等），导致公司需要承担额外费用，那么公司有权根据规定扣除相应的出差补贴。

2. 员工未实际出差或未完成出差任务：如果员工因个人原因未能实际出差，或者出差后未完成既定任务，公司可能根据内部规定扣除部分或全部出差补贴。

3. 公司政策明确规定：如果公司的出差补贴政策中明确规定了扣除补贴的情形和条件，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照政策扣除出差补贴是合法的。

三、非法扣除出差补贴的情形

1. 无合法依据扣除：如果公司没有明确的出差补贴政策，或者政策中未规定扣除补贴的情形和条件，而公司却随意扣除员工的出差补贴，这种行为可能是非法的。

2. 扣除金额超过合理范围：即使公司有权扣除出差补贴，但扣除的金额应当合理，不能过分高于员工因违反规定或未完成任务而给公司造成的实际损失。如果扣除金额过高，可能构成对员工权益的侵害。

3. 违反法律法规强制性规定：如果公司的出差补贴政策或扣除行为违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、劳动保护规定等），那么这种扣除行为是非法的。

四、法律建议

1. 查阅公司政策：员工在遇到公司扣除出差补贴的情况时，首先应当查阅公司的相关政策，了解扣除补贴的具体情形和条件。

2. 与公司沟通协商：如果员工认为公司扣除出差补贴的行为不合理或非法，可以与公司进行沟通协商，寻求解决方案。

3. 寻求法律援助：如果沟通协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

总结来说，公司扣除出差补贴是否合法取决于具体情况。员工在遇到此类问题时，应当首先了解公司的相关政策，并与公司进行沟通协商。如果无法解决问题，可以寻求法律援助来维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。