结论：土地上存在违章建筑未拆除，一般情况下不能直接办理土地使用证，但具体需结合违章建筑性质、土地权属状况及地方政策综合判断。以下分情况详细说明：

1. 违章建筑性质直接影响土地使用证办理

• 若违章建筑属于“必须拆除”类（如违反规划、占用基本农田、影响公共安全等），根据《城乡规划法》第64条及《土地管理法》第77条，自然资源部门会先责令拆除或没收违法建筑，恢复土地原状后，才能启动土地使用证办理程序。此时，违章建筑未拆除是办理的绝对障碍。
• 若违章建筑属于“可补办手续”类（如早期因历史原因未取得规划许可，但符合当前规划要求），部分地区允许通过“罚款+补办规划许可”的方式“转正”。但需注意：即使建筑合法化，土地使用证的办理仍需满足土地权属清晰、无争议等基本条件，且需补缴土地出让金等费用。

2. 土地权属状况是核心前提

• 若土地权属存在争议（如多方主张权利、未完成征收补偿等），即使无违章建筑，也无法办理土地使用证。此时需先通过行政裁决、诉讼等方式明确权属，再处理违章建筑问题。
• 若土地权属清晰（如已通过出让、划拨等方式取得合法权属），但存在违章建筑，需先解决建筑合法性问题（拆除或补办手续），再申请土地使用证。

3. 地方政策差异需重点关注

• 部分地区对历史遗留违章建筑采取“分类处置”政策，例如：
  
  • 对农村集体建设用地上的违章建筑，可能允许在限期内补办手续后办理土地使用证；
    
  • 对城市国有土地上的违章建筑，可能严格遵循“先拆除后办证”原则。
    
• 建议：向当地自然资源部门或乡镇政府咨询具体政策，避免因政策差异导致办理受阻。

4. 实务操作中的关键风险点

• “以证促拆”不可行：部分人试图通过办理土地使用证“倒逼”政府承认违章建筑合法性，但此做法缺乏法律依据，且可能因“隐瞒事实”被撤销证件并承担法律责任。
  
• 联合验收机制：部分地区实行“土地、规划、建设”联合验收，若违章建筑未拆除，即使土地权属清晰，也可能因规划或建设环节不达标而无法办证。

行动建议：

1. 立即委托专业机构对违章建筑进行合法性评估（如规划、土地用途是否符合当前政策）；
   
2. 向当地自然资源部门申请信息公开，明确土地权属状态及办证具体要求；
   
3. 若建筑可补办手续，同步准备罚款缴纳、规划许可补办等材料；
   
4. 若建筑必须拆除，制定拆除方案并留存证据，避免因强制拆除引发纠纷。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及风险防范。