违建拆除后，土地使用证是否会被没收，需根据具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：

1. 若违建行为未涉及非法占用土地或改变土地用途：

   • 在这种情况下，虽然建筑物被认定为违建并拆除，但土地使用本身可能并未违反法律规定。因此，土地使用证通常不会被没收。

2. 若违建行为涉及非法占用土地或改变土地用途：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，非法占用土地或擅自改变土地用途是违法行为。在这种情况下，土地管理部门可能会对违法行为进行处罚，其中包括但不限于罚款、责令恢复原状、没收违法所得等。
   • 关于土地使用证的处理，如果违法行为严重，土地管理部门可能会依法收回土地使用证，或者注销土地使用登记，以确保土地使用的合法性和规范性。

3. 特殊情况的考虑：

   • 如果违建行为是由于历史遗留问题、政策调整或其他特殊原因导致的，且当事人能够证明其土地使用权的合法性，那么土地使用证的处理可能会根据具体情况而有所不同。在这种情况下，建议当事人积极与土地管理部门沟通，寻求合理的解决方案。

综上所述，违建拆除后土地使用证是否会被没收，取决于违建行为是否涉及非法占用土地或改变土地用途等违法行为。如果当事人对土地使用权的合法性有疑虑或面临相关问题，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。