拥有合法的国有土地使用证，但其土地上的建筑没有房产证，并不一定就属于违章建筑。其合法性需综合考虑土地用途、规划要求、建设手续等多方面因素。以下是对此问题的详细分析：
一、不算违建的情况
符合规划与土地用途：
- 若建房者不仅拥有国有土地使用证，且建房行为完全符合土地利用总体规划、城市规划等相关要求，同时已按照法定程序办理了建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等必要手续，并严格按照这些证件所规定的内容进行建设（包括位置、面积、层数、建筑风格等），则所建房屋为合法建筑，不属于违建。
证件办理中但未最终取得房产证：
- 在某些情况下，建房者可能已经按照法定程序申请了房产证，但由于行政流程、资料提交等原因，尚未最终取得房产证。这种情况下，只要建房行为本身符合规划与土地用途，且相关手续正在办理中，房屋通常不被视为违建。
二、属于违建的情况
未办理或违反规划许可：
- 未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证即开始建设，或者虽取得规划许可，但建设过程中擅自改变规划许可内容，如超出规定的建筑面积、增加层数、改变建筑用途等，这些行为都可能导致房屋被认定为违建。
违反土地用途：
- 在国有土地上建房时，未遵守土地利用总体规划或城乡规划，如将商业用地用于住宅建设，或在禁止建设的区域进行建设，这些行为都违反了土地用途的规定，房屋可能被认定为违建。
施工许可缺失：
- 未获得建筑工程施工许可证即开始施工建设，此行为违反了建设行政主管部门的监管要求，房屋可能因此被认定为违建。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果房屋被认定为违建，可能面临责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除等法律后果。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。
建议：
- 及时咨询与办理手续：如果您拥有国有土地使用证但尚未取得房产证，建议及时咨询当地城乡规划部门或土地管理部门，了解相关手续办理流程，并尽快办理房产证等相关手续。
- 确保合规建设：在建设过程中，务必确保建房行为符合土地利用总体规划、城市规划等相关要求，并严格按照规划许可内容进行建设。
- 关注政策调整：由于城市建设、公共利益需要或政策调整等原因，原本合法的建房也可能面临重新认定或整改的风险。因此，建议您密切关注相关政策动态，及时调整建房行为。
总结来说，拥有合法的国有土地使用证并不意味着其土地上的建筑就一定合法。房屋的合法性需综合考虑土地用途、规划要求、建设手续等多方面因素。如果您对此问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。