在农村地区，房屋仅有房产证而没有土地使用证的情况，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合法的情况分析
历史遗留问题：
- 过去农村土地管理和房屋登记制度相对不健全，部分地区在早期对农村房产证的办理工作推进缓慢，而土地使用证的办理可能也未得到足够重视。在此背景下，村民按照当时的规定和习惯，完成建房并居住，即使未取得土地使用证，但只要建房审批手续（如宅基地审批手续）齐全且符合当时政策，房屋仍被视为合法存在，村民享有相应权益。不过，随着法律法规的完善，建议尽快补办土地使用证以确保权益完整。
符合当地政策规定且手续逐步完善中：
- 农村地区存在特定的宅基地管理和房屋建设政策，如“一户一宅”原则。在符合此类政策条件下，若村民已经合法程序取得建房相关审批（可能包括初步的土地使用意向审批等），并建造了房屋，即便暂时未办理土地使用证，房屋也可能被认可为合法建筑。此外，这些地区可能后续会组织开展土地使用证等证件的统一办理工作，在此过程中，房屋的合法性会得到进一步确认。
二、存在不合法风险的情况分析
未完成全部审批流程：
- 即使房屋已经建成并取得了房产证，但若在建房过程中未按照规定完成全部的审批流程，特别是土地使用方面的审批（如未获得宅基地使用权证等），房屋可能存在合法性瑕疵。这种情况下，尽管有房产证证明房屋所有权，但土地使用的权利未得到合法确认，严格意义上房屋建设可能不符合规划或土地管理要求，属于存在合规风险的建筑。
违规占地建房：
- 土地使用证明确了土地的合法使用性质和范围。若房屋实际建设超出了原本合法审批的土地范围，或在不允许建房的土地上（如农用地等禁止建设区域）建房，即使拥有房产证，房屋也属于违法建筑，不受法律保护。这种情况下，房产证无法掩盖土地使用违规的事实，房屋可能面临拆除、罚款等法律后果。
三、建议与行动
- 核实建房审批手续：首先，建议您核实自己房屋的建房审批手续是否齐全，特别是与土地使用相关的审批文件。如果手续不齐全或存在疑问，建议尽快向当地的自然资源部门、农业农村部门或乡镇政府咨询了解相关政策，看是否可以补办土地使用证等手续。
- 关注政策动态：随着不动产登记制度的推进和农村土地管理制度的完善，相关政策可能会发生变化。建议您关注当地政策动态，及时了解并适应新的管理要求。
- 法律途径解决争议：如果因土地使用问题与他人产生争议或面临法律纠纷，建议您及时寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，农村房屋仅有房产证而没有土地使用证的情况，其合法性需根据建房审批手续是否齐全、是否符合当地政策规定以及是否存在违规占地建房等因素来综合判断。为了确保自身权益得到充分保障，建议您尽快核实相关手续并咨询当地部门或专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。