结论前置：只有房产证没有土地使用证的情况，其合法性及后续处理方式需根据具体原因和房屋性质来判断。一般来说，这种情况可能涉及历史遗留问题、开发商责任、违规建设等多种因素，以下我将从不同角度为您详细分析。
一、历史遗留问题导致的只有房产证无土地使用证
情况描述：
在早期房地产开发中，由于管理制度不完善，部分房屋仅办理了房产证，而土地使用证未办理或遗失。这种情况在单位自建房、福利房等中较为常见。
法律分析：
- 产权确认：虽然只有房产证，但房屋所有权是明确的。然而，缺乏土地使用证可能影响房屋的完整产权，特别是在涉及土地转让、抵押等交易时。
- 补办手续：根据《不动产登记暂行条例》及其实施细则，您可以向当地不动产登记机构申请办理不动产权证书，将房产证和土地信息整合登记。这需要您提供房产证、身份证明以及可能需要的土地相关证明材料（如土地出让合同、土地规划许可证等，若遗失则需查询历史档案或咨询相关部门）。
建议：
- 尽快咨询当地不动产登记机构，了解补办土地使用证或整合登记的具体流程和要求。
- 准备齐全相关证明材料，以便顺利办理手续。
二、开发商原因导致的只有房产证无土地使用证
情况描述：
开发商在开发过程中未缴纳土地出让金、土地存在抵押或未取得完整的开发手续，导致业主无法办理土地使用证。
法律分析：
- 开发商责任：根据《民法典》及《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》，开发商有义务为业主办理完整的产权证书，包括房产证和土地使用证。若因开发商原因导致无法办理，开发商应承担违约责任。
- 维权途径：业主有权要求开发商协助办理土地使用证或赔偿损失。若协商无果，可通过诉讼途径维护权益。
建议：
- 仔细查阅购房合同，了解房产证和土地使用证的办理时间、违约责任等约定。
- 与开发商沟通协商，了解未能办证的具体原因，并督促其尽快解决问题。
- 若协商无果，及时向房地产管理部门投诉或向人民法院提起诉讼。
三、违规建设导致的只有房产证无土地使用证
情况描述：
房屋建设未按照规划许可进行，如超面积建设、改变土地用途等，导致无法通过竣工验收，进而无法办理土地使用证。
法律分析：
- 违规性质：违规建设房屋可能面临处罚，包括罚款、限期拆除等。在违规问题未解决前，无法办理土地使用证。
- 法律后果：若违规建设严重，房屋可能面临被强制拆除的风险。此时，房屋无法取得合法的土地使用证，业主需自行承担损失。
建议：
- 接受相关部门的处罚，并按要求进行整改（如补办审批手续、拆除违规部分等）。
- 咨询当地规划部门或建设部门，了解违规建设的具体处理办法和要求。
- 若房屋面临拆除风险，及时咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律救济途径。
四、通用建议与注意事项
- 查询法律法规：在处理只有房产证无土地使用证的问题时，首先查询当地关于房产和土地管理的相关法律法规，了解处理流程和要求。
- 咨询相关部门：向自然资源部门（原国土部门）或住房和城乡建设部门咨询具体处理办法，准备必要的证明文件。
- 重视产权证明：房产证和土地使用证是房屋权益的重要组成部分。务必重视其办理和保管，以避免不必要的法律风险和经济损失。
- 及时行动：无论哪种情况，都应尽快采取行动，依法办理相关手续或寻求法律救济途径，以确保自身权益得到充分保障。
最后，只有房产证没有土地使用证的情况复杂多样，需根据具体原因采取相应措施。若您在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。