结论：厂区内有违章建设的情况下，一般不能直接办理土地证分证，但具体需结合违章建设的性质、当地政策及整改情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 法律层面：违章建设是办理土地证分证的实质性障碍

根据《土地管理法》《城乡规划法》等规定，办理土地权属证书（包括分证）的前提是土地及地上建筑物符合规划、权属清晰且无违法情形。若厂区内存在违章建设（如未经审批的扩建、加建等），属于违法用地或违法建设行为，土地管理部门通常不会受理分证申请，甚至可能要求先整改或处罚后再处理。

关键点：

• 违章建设可能导致土地权属存在争议（如部分建筑无合法产权），不符合“权属清晰”要求；
  
• 即使土地使用权本身合法，违章建筑也可能被认定为“地上附着物违法”，影响整体分证流程。

2. 实务操作：需分情况处理违章建设

若想推进土地证分证，需根据违章建设的具体情况采取不同措施：

• 情况一：违章建设可整改
  若违章建设属于程序违法（如未取得施工许可但符合规划），可通过补办手续、缴纳罚款等方式合法化。整改完成后，可重新申请分证。
  示例：某厂区未报建加建仓库，但符合园区规划，补缴罚款并补办工程规划许可后，分证申请获批准。

• 情况二：违章建设需拆除
  若违章建设严重违反规划（如占用耕地、消防通道等），需先拆除并恢复土地原状。拆除后，若土地使用权无其他争议，可申请分证。
  示例：某厂区私自占用绿化带建宿舍，被城管部门强制拆除后，剩余合法建筑部分顺利办理分证。

• 情况三：违章建设无法整改或拆除
  若违章建设因历史原因无法处理（如涉及多方权属纠纷），土地证分证可能长期受阻。此时需通过行政诉讼或协商解决底层纠纷后，再推进分证。

3. 地方政策：需关注当地执行口径

部分地区对违章建设的处理有特殊规定（如“历史遗留问题”政策），可能允许在补缴土地出让金、承诺限期整改等条件下先行办理分证。建议向当地自然资源局或不动产登记中心咨询具体政策。

建议行动步骤：

1. 委托专业机构对厂区进行合规性审查，明确违章建设的性质及整改方向；
   
2. 与当地土地管理部门沟通，了解分证的具体要求及障碍；
   
3. 根据审查结果制定整改方案（如补办手续、拆除或申请政策豁免）；
   
4. 整改完成后，提交分证申请及相关证明材料。
   

若您需要进一步分析厂区具体情况或协助处理违章建设问题，可直接向我咨询，我会结合您的实际案例提供详细方案。