针对您提出的“工业厂房违章建筑是否可办工程许可证”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，违章建筑是指未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物。这类建筑在规划、建设、安全等方面都可能存在不符合规定的情况。

接下来，我们根据《建筑工程施工许可管理办法》的相关规定来分析这个问题。该办法明确规定了建设单位在申请领取施工许可证时，必须满足一系列条件，其中包括“依法应当办理建设工程规划许可证的，已经取得建设工程规划许可证”。这意味着，如果工业厂房存在违章建筑，即未取得或未按照建设工程规划许可证进行建设，那么该厂房在申请新的工程许可证时将会受到阻碍。

进一步地，如果土地上存在违章建筑，根据江苏省自然资源厅的答复，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门会责令停止建设，并根据情况采取改正措施、罚款、限期拆除或没收实物等处罚。这些处罚措施的实施，无疑会对违章建筑所在土地上的后续建设活动产生重大影响，包括工程许可证的申请和发放。

具体来说，如果工业厂房存在违章建筑，且这些违章建筑未得到妥善处理（如拆除、改正等），那么该厂房在申请新的工程许可证时，很可能会因为不符合规划要求而被拒绝。即使厂房的所有者或使用者试图通过改扩建等方式来“掩盖”违章建筑的存在，这种行为也是违法的，并且一旦被发现，将会面临更严重的法律后果。

因此，我的建议是：如果工业厂房存在违章建筑，且您希望在该土地上进行新的建设活动（如改扩建等），那么您应该首先处理这些违章建筑，确保它们符合规划要求，然后再按照相关规定申请工程许可证。这样不仅可以避免法律风险，还可以确保建设活动的合法性和安全性。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。