关于不履行行政协议三年后是否可以起诉的问题，结论前置如下：
一般情况下，若适用行政诉讼起诉期限，则三年后可能已超过起诉期限。行政诉讼的起诉期限通常为六个月，自知道或者应当知道行政行为之日起计算。因此，如果三年后才想起诉，很可能已经超过了法定的起诉期限。
特殊情况下，若适用民事诉讼时效规定，则三年后可能仍在诉讼时效内。当行政机关不履行行政协议被视为民事合同纠纷处理时，适用《中华人民共和国民法典》关于诉讼时效的规定，即三年。但需注意，这并不意味着可以无限期拖延起诉，因为还存在最长保护期限的限制。
详细分析如下：
一、行政诉讼起诉期限的适用
根据《中华人民共和国行政诉讼法》及其司法解释，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起行政诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这是行政诉讼的一般起诉期限。如果行政机关不履行行政协议，且该协议被视为行政行为的一部分，那么通常应适用这一起诉期限。因此，如果三年后才想起诉，很可能已经超过了六个月的起诉期限。
二、民事诉讼时效的适用
然而，在某些特殊情况下，行政机关不履行行政协议可能被视为民事合同纠纷处理。此时，适用《中华人民共和国民法典》关于诉讼时效的规定。根据民法典，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，如果三年内知道或应当知道权利受到损害，且该协议纠纷被视为民事合同纠纷，那么三年后起诉可能仍在诉讼时效内。
但需特别注意，民法典还规定了最长保护期限。因不动产提起诉讼的案件，自行政行为作出之日起超过二十年，人民法院不予受理；其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院同样不予受理。这是起诉期限的例外情况，也称为最长保护期限。因此，即使适用民事诉讼时效规定，也需注意不要超过最长保护期限。
三、实践应用中的特殊情况
在实践应用中，如果行政机关明确表示或者以自己的行为表明不履行行政协议义务，相对人可以在履行期限届满之前，就向人民法院起诉，请求行政机关承担违约责任。这种情况下，起诉期限的计算可能有所不同，需根据具体情况判断。
四、法律建议
及时咨询：如果您面临行政机关不履行行政协议的情况，建议尽快咨询专业律师，以准确判断起诉期限和适用法律。
收集证据：在起诉前，务必收集好相关证据，如行政协议、履行情况记录、沟通记录等，以支持您的诉讼请求。
注意时效：无论适用行政诉讼起诉期限还是民事诉讼时效规定，都需注意不要超过法定时效期限，以免丧失诉讼权利。
总结：不履行行政协议三年后是否可以起诉，需根据具体情况判断适用行政诉讼起诉期限还是民事诉讼时效规定。一般情况下，若适用行政诉讼起诉期限，则三年后可能已超过起诉期限；特殊情况下，若适用民事诉讼时效规定，则三年后可能仍在诉讼时效内，但需注意最长保护期限的限制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。