雇佣16岁员工本身并不违法，但若未遵守对未成年工的特殊保护规定，则可能面临行政处罚、民事赔偿，甚至在特定情况下承担刑事责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法性分析
根据《中华人民共和国劳动法》第十五条，禁止用人单位招用未满十六周岁的未成年人，但年满十六周岁的员工是可以被合法雇佣的。因此，雇佣16岁员工在法律上是合法的，前提是用人单位必须遵守相关法律法规，特别是关于未成年工的特殊保护规定。
二、可能面临的处罚及责任
行政处罚：
- 罚款：如果用人单位未遵守对未成年工的特殊保护规定，如安排其从事禁忌劳动、未进行健康检查等，劳动行政部门可依据《中华人民共和国劳动法》第九十四条和《禁止使用童工规定》第六条，对用人单位处以罚款。罚款标准通常为每使用一名未成年工每月处一定金额的罚款（如5000元），具体数额根据违规情节和地区规定可能有所不同。
- 责令改正：劳动行政部门会责令用人单位立即停止违规行为，并采取措施纠正，如调整工作岗位、安排健康检查等。
- 吊销营业执照：对于情节严重、屡教不改的用人单位，劳动行政部门可能会提请相关行政机关撤销其营业执照，即取消其经营资格。
民事赔偿：
- 如果因用人单位的违规行为导致未成年工受到人身伤害或财产损失，用人单位需承担相应的民事赔偿责任。这包括医疗费用、康复费用、残疾赔偿金以及因误工减少的收入等。
刑事责任：
- 在特定情况下，如用人单位违反劳动管理法规，雇用未成年工从事超强度体力劳动、高空或井下作业、在危险环境下从事劳动等，且情节严重的，对直接责任人员可能构成犯罪，需承担刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第二百四十四条之一，对直接责任人员可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
三、特殊保护规定及用人单位责任
工种限制：
- 用人单位不得安排未成年工从事矿山井下、有毒有害、国家规定的第四级体力劳动强度的劳动以及其他禁忌从事的劳动。
劳动时间与强度：
- 用人单位应合理安排未成年工的劳动时间和劳动强度，确保不超过其身体承受能力。
健康检查：
- 用人单位应定期对未成年工进行健康检查，以及时发现并处理可能存在的健康问题。
用人单位责任：
- 用人单位在招聘过程中应仔细核查应聘者的年龄信息，确保不会误招未满16周岁的未成年人。
- 用人单位必须严格遵守相关法律法规，确保未成年工的合法权益得到充分保护。
四、建议
严格遵守法律法规：
- 用人单位在雇佣未成年工时，应严格遵守相关法律法规，特别是关于未成年工的特殊保护规定。
加强内部管理：
- 用人单位应建立健全内部管理制度，确保未成年工的工作安排、健康检查等符合法律法规要求。
及时咨询与整改：
- 如果用人单位对相关法律法规存在疑问或不确定如何操作，应及时咨询专业律师或相关行政部门，并按照建议进行整改。
总之，雇佣16岁员工本身并不违法，但用人单位必须严格遵守相关法律法规，确保未成年工的合法权益得到充分保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。