房租一般不应从非法经营的违法所得中扣除，但在特定情况下，房租支出可能会影响违法所得的认定和最终处理结果。以下从不同角度进行分析：

一、法律原则角度

从法律原则上看，违法所得是指因实施违法行为而获得的全部收入，它反映了违法行为的直接经济后果。房租作为经营成本的一部分，在正常情况下，是经营者在合法经营过程中需要承担的费用。然而，在非法经营的情况下，由于经营活动本身不具有合法性，因此其产生的所有收入，包括原本可能用于支付房租的部分，都被视为违法所得。从这个角度讲，房租不应从违法所得中扣除，因为违法所得的计算是基于违法行为的整体经济效果，而不是基于个别成本或费用的支出。

二、司法实践角度

在司法实践中，对于违法所得的认定和处理，通常会考虑多种因素，包括违法行为的性质、情节、后果以及违法者的主观恶性等。虽然房租作为经营成本在合法经营中是可以扣除的，但在非法经营的情况下，由于经营活动的非法性，房租支出往往不会被视为合法的经营成本，因此不会从违法所得中扣除。不过，也存在一些特殊情况，比如如果房租支出与非法经营活动无直接关联，或者房租支出明显超出正常经营需要，那么这部分支出可能会在认定违法所得时予以考虑，但这种情况较为罕见，且需要具体的证据支持。

三、具体案例分析

假设一个非法经营案例中，违法者通过非法手段获得了100万元的收入，同时支付了20万元的房租。在认定违法所得时，如果这20万元房租是直接用于非法经营活动的场所租赁，那么根据法律原则和司法实践，这20万元通常不会被从违法所得中扣除。违法者仍需对全部的100万元违法所得承担责任。然而，如果房租支出与非法经营活动无直接关联，比如违法者同时租赁了其他场所用于合法居住，且这部分房租支出明显超出正常经营需要，那么在认定违法所得时，可能会考虑将这部分超出正常经营需要的房租支出从违法所得中适当扣除，但这需要具体的证据和法院的裁量。

四、法律建议

对于涉及非法经营和违法所得的问题，建议违法者或相关当事人及时咨询专业律师，了解具体的法律规定和司法实践。在面临法律追究时，应积极配合调查，提供真实的证据和情况说明，以便法院或相关执法机关能够准确认定违法所得，并作出公正的裁决。同时，也应认识到非法经营的严重性和法律后果，遵守法律法规，合法经营。

总结来说，房租一般不应从非法经营的违法所得中扣除，但在特定情况下，如房租支出与非法经营活动无直接关联或明显超出正常经营需要时，可能会在认定违法所得时予以考虑。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。