在非法经营案件中，违法所得的认定通常应基于行为人通过非法经营活动所获得的全部收入，并在符合法律法规的前提下，合理扣除合法的运营成本，以得出真正的违法所得数额。但这一原则在具体应用中可能因地区、案件性质及相关法律法规的差异而有所调整。以下是对这一问题的详细分析：

一、违法所得的定义

违法所得是指行为人从事违反国家法律、法规规定的活动所获得的利益。它通常包括经营过程中的销售收入或实际获利数额。在非法经营案件中，准确认定违法所得对于定罪量刑具有重要意义，它不仅关系到行为人的刑事责任大小，还影响到罚金的数额以及可能的民事赔偿责任。

二、是否扣除成本的问题

1. 合法成本可扣除：

   • 在一般情况下，计算非法经营的违法所得时，会考虑扣除合法的运营成本。这是因为违法所得的计算应基于行为人通过非法经营行为获得的“净收入”，即总收入减去合法成本后的数额。例如，在未经许可非法销售烟草的案例中，若销售金额为50万元，进货成本为30万元，且该进货成本是合法的，那么在计算违法所得时，通常会先考虑总收入50万元，然后扣除合法的进货成本30万元，得出违法所得为20万元。

2. 非法成本不可扣除：

   • 并非所有成本都可被扣除。如果成本费用不符合法律法规要求，或者属于非法活动的开支（如购买非法物品的费用），则不应予以扣除。继续以上述烟草销售案例为例，若进货成本中包含非法开支，如购买走私烟草的费用，则这部分费用不应被扣除，违法所得仍应认定为50万元。

三、司法实践中的差异

由于地区差异、案件性质的不同以及相关法律法规的更新，违法所得的认定在具体案件中可能存在一定差异。因此，在处理具体案件时，应仔细研究相关法律法规和司法解释，并咨询专业律师的意见，以确保违法所得的认定既准确又公正。

四、法律建议

1. 保留相关证据：

   • 在非法经营活动中，行为人应尽可能保留与经营活动相关的证据，如销售记录、进货凭证等，以便在后续的法律程序中证明自己的合法成本。

2. 及时咨询律师：

   • 如果行为人涉嫌非法经营并面临法律追究，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及违法所得的认定标准和程序。

3. 配合调查：

   • 在接受调查时，行为人应如实陈述事实，提供相关证据，并配合执法机关的工作。这有助于维护自己的合法权益，并可能减轻法律责任。

如有任何关于非法经营或违法所得认定的法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。