非法经营扣除房租不能作为成本。

在非法经营的情况下，房租作为非法活动的支出，是不能被视为合法成本的。非法经营本身违反了法律法规，因此与之相关的所有支出，包括房租，都不能在税务上作为成本进行扣除。

从法律角度来看，非法经营行为是不受法律保护的，任何因此产生的费用或损失，都不能通过合法途径获得补偿或扣除。房租作为非法经营活动的一部分，其支付与非法经营行为直接相关，因此不能作为成本进行税务处理。

此外，对于非法经营行为，法律还会给予相应的处罚，包括罚款、没收违法所得等。因此，建议遵守法律法规，合法经营，以避免不必要的法律风险和损失。

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