关于非法经营罪的违法所得扣除哪些支出，这是一个涉及具体法律适用和解释的问题。根据我对相关法律的理解和实践经验，以下是我的详细解答：

非法经营罪的违法所得，在扣除支出时，应主要考虑直接用于经营活动的合理支出。

1. 基于法条规定的解读：

   • 根据最高人民法院研究室的相关答复，非法经营罪中的“违法所得”是指获利数额，即以违法生产、销售获得的全部收入扣除其直接用于经营活动的合理支出后剩余的数额。
   • 同时，刑法第64条及后续相关司法解释也提供了对“违法所得”的广义解释，即指通过实施犯罪直接、间接产生、获得的任何财产，但在具体案件中，是否扣除生产、销售成本需根据案件具体情况和法律规定来判断。

2. 具体扣除的支出类型：

   • 直接用于经营活动的合理支出：这通常包括原材料购进价款、直接人工费用（如生产工人的工资）、必要的运输费用、仓储费用等，这些支出是直接与非法经营活动相关的，且是合理的、必要的支出。
   • 不包括的支出：一些间接费用，如管理费用、财务费用、广告费用等，通常不被视为直接用于经营活动的合理支出，因此在计算违法所得时可能不予扣除。

3. 特殊情形的处理：

   • 在某些特殊情形下，如合法销售与非法销售混同的情况，需要区分合法与非法部分，并据此合理核减相关支出。
   • 对于无法区分或难以核实的支出部分，法院可能会根据案件具体情况和证据情况，从有利于被告人的角度进行适度核减。

综上所述，非法经营罪的违法所得在扣除支出时，应主要扣除直接用于经营活动的合理支出。具体扣除哪些支出，需要根据案件的具体情况和相关法律规定来判断。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。