在民事诉讼中，如果被告有质证据材料但法官不采纳且未说明理由，这一行为本身并不直接等同于合理合法，需要分情况讨论：

1. 法官未说明理由可能存在的程序瑕疵：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法官在审理案件时，应当对双方提交的证据进行审查，并在判决书中对证据的采纳与否及其理由进行说明。这是保障当事人诉讼权利、确保审判公正的重要环节。
   • 如果法官在判决书中未对不采纳被告质证据材料的理由进行说明，这可能构成程序上的瑕疵。当事人可以依据相关法律规定，在上诉或申请再审时提出这一点，要求上级法院对原判决进行审查。

2. 法官不采纳证据的合理情形：

   • 尽管法官有义务说明不采纳证据的理由，但在某些情况下，法官可能基于案件的整体判断，认为某些证据虽然具有表面上的证明力，但实际上与案件事实无直接关联，或者存在其他更充分的证据足以推翻该证据，因此选择不采纳。
   • 此外，如果证据存在形式上的瑕疵（如未在规定期限内提交、未经过质证等），或者证据的真实性、合法性受到质疑且无法得到证实，法官也有权不采纳该证据。在这些情况下，法官虽然未明确说明理由，但其不采纳证据的行为可能是基于合理的法律判断和事实认定。

3. 当事人应如何应对：

   • 如果当事人认为法官未采纳其质证据材料且未说明理由，首先应当仔细审查判决书，看是否有其他部分间接说明了不采纳的理由。
   • 如果确实未找到相关说明，当事人可以在上诉或申请再审时提出这一点，并附上相关证据和法律依据，要求上级法院对原判决进行审查并作出公正裁决。
   • 同时，当事人也可以考虑向法院的监察部门或上级法院反映情况，寻求进一步的法律救济。

4. 关于合理合法的判断：

   • 合理合法性的判断需要基于具体的案件事实和法律规定。如果法官的不采纳行为确实违反了法律规定或程序要求，那么这一行为就是不合法且不合理的。
   • 然而，如果法官的不采纳行为是基于合理的法律判断和事实认定，且符合审判程序的要求，那么即使未明确说明理由，也不能简单地认为这一行为就是不合法或不合理的。

建议：在面对这种情况时，当事人应当保持冷静，仔细审查判决书和相关证据，必要时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答和帮助。