劳动合同未注明社保补贴不合法，且该约定本身因违反法律强制性规定而无效。以下从多个角度进行分析：
法律强制性规定角度
根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位必须自用工之日起30日内为劳动者办理社会保险登记，并按时足额缴纳社会保险费（包括养老、医疗、失业、工伤、生育五项）。法律明确将缴纳社保规定为用人单位的法定义务，不允许通过协议方式免除或变相免除。即使劳动合同中约定“以补贴形式替代社保”，该条款因违反法律强制性规定而无效，用人单位仍需承担补缴社保的法律责任。
补贴与社保的性质差异角度
社保具有强制性、公益性和保障性，其缴费基数、比例均由法律统一规定，目的是为劳动者提供基本生活保障和风险分担机制。而“社保补贴”本质上是用人单位将应承担的社保费用以现金形式直接支付给劳动者，这种做法无法实现社保的保障功能（如劳动者无法享受医保报销、失业金领取等权益），且可能因补贴金额低于法定缴费标准而损害劳动者利益。
法律后果角度
若用人单位仅支付补贴而未缴纳社保，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条主张解除劳动合同并要求经济补偿；同时，社保征收机构可依据《社会保险法》第六十三条、第八十六条责令用人单位补缴社保、加收滞纳金，甚至处以罚款。即使劳动者签署了“放弃社保”的协议，该协议也因违法而无效，不影响社保补缴义务的履行。
实务建议角度
对劳动者：若发现劳动合同中存在此类条款，可要求用人单位修改合同并依法缴纳社保；若用人单位拒绝，可向当地社保部门投诉或申请劳动仲裁。
对用人单位：应避免在劳动合同中约定“社保补贴”等违法条款，及时为劳动者办理社保登记并缴费，以降低法律风险。
总结：劳动合同中未注明社保且约定补贴的做法不合法，用人单位必须依法为劳动者缴纳社保，任何变相规避社保义务的约定均无效。如有进一步疑问，可直接向我咨询。