关于您提出的“劳动合同中包含社保补助是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和双方权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法定义务与基本原则
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条和《社会保险费征缴暂行条例》第十二条的规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，并缴纳社会保险费。这是双方的法定义务，具有强制性，不能通过简单的约定或其他方式来规避。
二、合同中包含社保补助的合法性分析
形式上的合法性：
- 如果劳动合同或相关协议中明确写明了工资包含社保补助，并且补助的数额也清晰明确，这种做法在形式上可能看似具有合法性。但关键在于，这种约定是否违反了法律法规的强制性规定。
实质上的合法性：
- 社保补助无法完全替代实际的社会保险。社会保险包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等，它们为劳动者提供了在生病、失业、工伤、生育等情况下的基本保障。如果仅以社保补助替代实际缴纳社保，劳动者在面临这些情况时将无法享受相应的社会保险待遇，这显然是对劳动者权益的损害。
- 从用人单位的角度来看，未依法缴纳社保可能面临劳动保障行政部门的查处和高额罚款。同时，劳动者也可能通过劳动仲裁、诉讼等方式要求补缴社保费用，用人单位需承担相应的法律后果。
三、特殊情况与合理性探讨
- 在某些特定情况下，如退休返聘人员已依法享受社会保险待遇，或非全日制用工中双方协商一致不缴纳社保而给予一定补助等，工资中包含社保补助的做法可能具有一定的合理性。但这些情况必须严格遵守相关法律法规，并明确双方的权利和义务。例如，退休返聘人员应提供已享受社会保险待遇的证明，非全日制用工应明确约定不缴纳社保的具体原因和补助的发放方式等。
四、综合建议
- 为避免法律风险和保护双方权益，我建议用人单位和劳动者在签订劳动合同时，应明确约定社保的缴纳方式和责任。用人单位应依法履行社保缴纳义务，确保劳动者的合法权益得到保障。
- 劳动者也应关注自己的社保缴纳情况，及时查询社保缴纳记录，确保用人单位已按时足额缴纳社保费用。如果发现用人单位未依法缴纳社保，劳动者应及时向劳动保障行政部门投诉或寻求法律援助。
综上所述，劳动合同中包含社保补助的合法性需根据具体情况和合同条款来判断。在大多数情况下，用人单位应依法为劳动者缴纳社保费，而不能以社保补助替代。希望我的解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。