在建设工程项目中，领取中标通知书后签订合同，双方是可以进行约定的，但这种约定需严格遵循相关法律法规的规定，且不得违背招标文件的实质性内容。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据与原则：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。这一规定确立了合同签订的基本框架和时限要求。
   • 合同签订应遵循公平、自愿、诚实信用的原则，双方可以在不违反法律法规和招标文件实质性内容的前提下，对合同的具体条款进行协商和约定。

2. 合同约定的内容：

   • 合同条款的协商：在签订合同时，招标人和中标人可以就工程范围、建设工期、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备的供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期等条款进行协商和约定。
   • 不得违背的实质性内容：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十七条，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这里的“实质性内容”通常指的是影响合同双方权利义务的关键条款，如工程价款、工期、质量标准等。

3. 合同签订的程序与要求：

   • 书面形式：合同应当采用书面形式，以确保双方的权利义务得到明确和固定的记录。
   • 及时签订：双方应在中标通知书发出后的法定期限内签订合同，以避免因拖延而引发的法律风险。
   • 备案与公示：根据相关规定，依法必须进行招标的项目，招标人应当自确定中标人之日起十五日内，向有关行政监督部门提交招标投标情况的书面报告，并在指定媒介上公示中标结果。合同签订后，也可能需要进行备案或公示，以确保合同的合法性和透明度。

4. 法律后果与风险防范：

   • 违法约定的后果：如果双方在签订合同时违背了招标文件的实质性内容或违反了相关法律法规的规定，可能会面临合同无效、行政处罚等法律后果。
   • 风险防范建议：为避免法律风险，招标人和中标人在签订合同时应仔细审查招标文件和中标文件，确保合同条款的合法性和合规性。同时，双方可以寻求专业法律人士的帮助，对合同条款进行审查和修改，以确保合同的合法性和有效性。

总结与建议：在建设工程项目中，领取中标通知书后签订合同是双方协商和约定的过程，但必须严格遵守相关法律法规和招标文件的实质性内容。为确保合同的合法性和有效性，建议双方在签订合同前仔细审查相关文件，并在必要时寻求专业法律人士的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。