结论：员工在车间休息时间自残，一般情况下用人单位不能直接开除该员工，但具体还需结合实际情况和相关法律规定来判断。

分析如下：

1. 自残行为与劳动合同解除的关系：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同通常需要基于员工存在严重违反公司规章制度、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害、被依法追究刑事责任等法定情形。
   • 自残行为本身并不直接等同于上述法定解除劳动合同的情形。除非公司规章制度中明确将自残行为列为严重违反规章制度的行为，并且该规章制度已经依法告知员工，否则用人单位不能仅凭自残行为就解除劳动合同。

2. 公司规章制度的重要性：

   • 如果公司规章制度中确实规定了自残行为属于严重违反规章制度的行为，并且该规章制度已经通过合法程序制定并告知员工，那么用人单位在员工自残的情况下，有可能依据规章制度解除劳动合同。
   • 但需要注意的是，规章制度的制定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。同时，规章制度的告知程序也必须合法，确保员工已经知晓并理解规章制度的内容。

3. 自残行为的法律后果与用人单位的责任：

   • 自残行为通常被视为员工个人的行为，与工作无关。因此，除非自残行为是在工作过程中因工作原因导致的（这种情况下可能构成工伤），否则用人单位通常不需要承担法律责任。
   • 然而，如果员工自残行为导致无法继续工作，或者给公司带来其他负面影响，用人单位可以与员工协商解除劳动合同，或者根据实际情况调整员工的工作岗位或工作内容。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于员工自残的情况，用人单位应首先确保员工得到及时的治疗和关怀，体现人文关怀。
   • 同时，用人单位应仔细审查公司规章制度，确认是否存在关于自残行为的规定，并评估该规定的合法性和合理性。
   • 如果用人单位决定解除劳动合同，应确保解除程序合法，避免引发劳动争议。

可能面临的法律后果：

• 如果用人单位未经合法程序就解除劳动合同，可能面临违法解除劳动合同的法律风险，需要支付赔偿金或继续履行劳动合同。
• 如果员工对解除劳动合同的决定不服，可以申请劳动仲裁或提起诉讼，要求用人单位承担相应的法律责任。

总结与建议： 员工在车间休息时间自残，用人单位不能直接开除该员工，除非公司规章制度中有明确规定且该规定合法有效。在实际操作中，用人单位应谨慎处理，确保解除劳动合同的程序合法，避免引发劳动争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。