结论：公司可以起诉项目经理索要回扣的行为，且该行为存在诉讼时效的限制。

一、公司可以起诉项目经理索要回扣的行为

项目经理作为公司员工，其职责是代表公司进行项目管理，并应忠诚于公司的利益。如果项目经理利用职务之便，索要或收受回扣，这明显违反了其作为员工的忠诚义务，也损害了公司的利益。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，这种行为可能构成非国家工作人员受贿罪。因此，公司作为受害方，有权向法院提起诉讼，要求项目经理承担相应的法律责任。

二、诉讼时效的限制

1. 刑事诉讼时效：

   • 对于项目经理索要回扣可能构成的犯罪行为，如非国家工作人员受贿罪，其诉讼时效通常遵循《中华人民共和国刑法》中关于追诉时效的规定。根据犯罪的情节和可能判处的刑罚，追诉时效可能从五年到二十年不等。具体来说，如果犯罪情节较轻，可能判处五年以下有期徒刑或拘役，那么追诉时效为五年；如果犯罪情节严重，可能判处十年以上有期徒刑或无期徒刑，那么追诉时效可能延长至二十年。

2. 民事诉讼时效：

   • 如果公司选择通过民事诉讼来追究项目经理的责任，要求其赔偿因索要回扣给公司造成的损失，那么需要遵循《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的规定。根据民法典，一般的民事诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

三、建议

1. 及时收集证据：公司应尽快收集项目经理索要回扣的相关证据，包括但不限于聊天记录、转账记录、合同文件等，以便在诉讼中证明项目经理的违法行为。

2. 咨询专业律师：在决定起诉之前，公司应咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能面临的法律风险，以便制定合适的诉讼策略。

3. 考虑内部处理：除了法律途径外，公司还可以考虑通过内部纪律处分或解雇等方式来处理项目经理的违法行为，以维护公司的声誉和利益。

4. 关注诉讼时效：公司应密切关注诉讼时效的问题，确保在诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失追诉权。

如果您在公司法务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。