结论：扰乱单位秩序的行为，即使单位不追究，也不意味着可以自动终止调查。是否终止调查取决于公安机关的判断和决定，而非单位单方面的意愿。

分析说明：

1. 法律性质与调查主体：

   • 扰乱单位秩序属于违反治安管理的行为，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，此类行为由公安机关负责调查处理。
   • 单位虽然作为受害者，有权向公安机关报案，但调查的启动、进行和终止均由公安机关根据法律规定和案件情况决定。

2. 单位不追究的影响：

   • 单位不追究并不等同于违法行为不存在或不应受到处罚。单位可能出于各种原因（如内部和解、避免影响等）选择不追究，但这并不影响公安机关对违法行为的调查和处理。
   • 公安机关在接到报案后，会依法进行调查，如果认为存在违法行为，会依法进行处罚，无论单位是否追究。

3. 调查终止的条件：

   • 调查终止通常发生在公安机关认为违法行为不成立、证据不足、违法行为轻微且已得到纠正，或者存在其他依法应终止调查的情形时。
   • 单位不追究并不是调查终止的法定条件。公安机关在决定是否终止调查时，会综合考虑案件事实、证据情况、法律规定以及社会影响等多方面因素。

特殊场景：

• 如果单位在报案后，又向公安机关明确表示不追究，并提供了相应的书面材料或说明，公安机关可能会根据案件情况，结合单位的意愿，进行综合判断。但这并不意味着单位可以单方面决定调查的终止，公安机关仍有权根据法律规定和案件情况决定是否继续调查。

行动建议：

• 如果您或您所在的单位遇到了扰乱单位秩序的行为，建议及时向公安机关报案，并提供相关证据和线索。
• 在报案后，应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持。
• 如果对调查过程或结果有异议，可以依法向公安机关提出申诉或复议，或者寻求法律援助和咨询。

法律后果：

• 如果扰乱单位秩序的行为被查实，违法行为人可能会面临警告、罚款、拘留等治安管理处罚。
• 如果行为构成犯罪，还可能依法追究刑事责任。

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