单位查到调解不予处罚后，是否还会追责，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、调解协议履行完毕且无违法情形
在一般的法律实践中，当案件经过调解并达成协议，且双方都切实履行了该协议后，通常确实不能再对当事人追究责任。这是因为调解本身就是当事人在自愿的基础上达成的一种和解方式，具有一定的法律效力，双方都有义务按照协议的内容去执行。例如，在合同纠纷中，双方通过调解达成了赔偿协议，并且赔偿款已经支付完毕，那么在此情况下，通常就不会再对当事人进行追责。
二、调解协议存在违法情形
然而，如果调解协议的达成过程中存在欺诈、胁迫等违法的情形，那么这种协议的合法性就受到了质疑。在这种情况下，一方当事人可以向法院申请撤销该调解协议。一旦撤销成功，就意味着调解协议不再具有法律效力，当事人仍可以依据法律规定依法追究对方的责任。比如，在调解过程中，一方以威胁的手段迫使另一方签订了不公平的调解协议，那么受威胁方就有权申请撤销该协议，并追究对方的法律责任。
三、特殊类型案件
对于一些特殊类型的案件，比如刑事附带民事诉讼案件，即使双方已经达成了调解协议，在刑事案件的处理过程中，如果发现被告人还有其他的犯罪行为或者情节，那么根据法律的规定，仍然有可能对被告人追究刑事责任。这是因为刑事犯罪的认定有着严格的法律标准和程序，不能仅仅因为之前的民事调解而忽视其他犯罪行为的存在。例如，在某起刑事附带民事诉讼案件中，双方就民事赔偿部分达成了调解协议，但在后续的刑事侦查过程中，发现被告人还存在其他未被查处的犯罪行为，那么检察机关仍然可以对其提起公诉，追究其刑事责任。
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