核心结论：针对自建房未签合同且包工头不同意留质保金的情况，可通过补充书面协议、协商留存质保金替代方式、收集证据保障权益、寻求第三方调解或法律途径解决纠纷这几种方式来处理。以下是具体情况分析：

1. 补充书面协议

   • 虽然工程已经开始或可能已接近完工，但此时补充签订一份书面合同仍具有重要意义。在合同中明确约定工程的质量标准、质保期限、质保金的比例（如双方能就质保金达成一致）以及违约责任等关键条款。例如，约定工程质保期为自竣工验收合格之日起[X]年，质保金为工程总造价的[X]%，在质保期内若出现质量问题，包工头应在接到通知后[X]日内进行维修，否则业主有权自行维修并从质保金中扣除相应费用等。
   • 补充协议可以以书面形式对双方的权利义务进行固定，避免后续因质量问题产生纠纷时双方各执一词，为维护自身权益提供有力的法律依据。即使包工头一开始不同意留质保金，通过耐心沟通和解释补充协议的重要性，也有可能使其改变态度。

2. 协商留存质保金替代方式

   • 如果包工头坚决不同意留存现金形式的质保金，可以尝试协商其他替代方式。比如，要求包工头提供等值的银行保函或第三方担保。银行保函是由银行出具的一种担保凭证，当在质保期内出现质量问题且包工头不履行维修义务时，业主可以凭保函向银行索赔，银行将按照保函约定支付相应款项。第三方担保则是找一家有信誉和实力的担保公司，由担保公司为包工头的质保责任提供担保，若出现问题，担保公司将承担相应的赔偿责任。
   • 这种方式既能在一定程度上保障业主的权益，又能缓解包工头资金被占用的压力，增加双方达成一致的可能性。

3. 收集证据保障权益

   • 在没有合同和质保金的情况下，收集与工程建设相关的各种证据就显得尤为重要。这些证据包括但不限于：工程开始前的设计图纸、预算方案，这可以明确工程的初始规划和造价；施工过程中的照片、视频，能够记录工程的实际施工情况，包括使用的材料、施工工艺等；与包工头的沟通记录，如短信、微信聊天记录、通话录音等，其中可能涉及到工程质量要求、双方对于质保问题的讨论等内容；材料采购凭证，证明所使用材料的质量和来源；支付工程款的记录，如转账凭证、收据等，以确定工程款的支付情况。
   • 一旦在质保期内出现质量问题，这些证据将有助于业主证明问题的存在以及与包工头施工之间的因果关系，从而在通过法律途径解决纠纷时占据有利地位。

4. 寻求第三方调解或法律途径解决纠纷

   • 如果在质保期内出现质量问题且与包工头协商无果，可以考虑寻求第三方的调解。例如，可以向当地的村民委员会、居民委员会或乡镇司法所等基层组织申请调解。这些基层组织具有一定的公信力和调解经验，能够在中立的角度听取双方的意见，协调双方达成一个合理的解决方案。
   • 若调解不成，业主可以依据收集到的证据向人民法院提起诉讼，要求包工头承担维修责任或赔偿损失。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和相关法律法规进行审理和判决。如果业主的证据充分、事实清楚、法律依据明确，法院将支持业主的诉讼请求，维护业主的合法权益。