可以停缴，但需分情况讨论，具体如下：
从法律义务角度
根据《社会保险法》第六十条，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。员工被刑事拘留期间，劳动关系并未自动解除，用人单位仍需履行社保缴纳义务。但若员工被依法追究刑事责任（如判决生效后），根据《劳动合同法》第三十九条，用人单位可单方解除劳动合同，此时社保可依法停缴。
从实务操作角度
- 刑事拘留阶段：若员工仅被刑事拘留而未被判决，用人单位通常无法直接停缴社保，但可暂停工资发放（需符合《工资支付暂行规定》第十六条关于扣减工资的情形）。
- 判决生效后：若员工被法院判决有罪，用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同，并自解除之日起停缴社保。解除程序需合法（如通知工会、出具解除证明等），否则可能构成违法解除。
- 特殊情形：若员工被取保候审或监视居住，劳动关系仍存续，用人单位需继续缴纳社保；若员工被宣告无罪或免予刑事处罚，劳动关系不受影响，社保缴纳义务持续存在。
- 风险提示与建议
- 合规风险：用人单位在员工被刑事拘留期间擅自停缴社保，可能面临社保部门追缴、滞纳金及行政处罚风险。
- 操作建议：
（1）及时与员工或其家属沟通，了解案件进展；
（2）若拟解除劳动合同，需在判决生效后依法办理，并同步停缴社保；
（3）若员工被羁押导致无法履行工作职责，可依据规章制度按旷工处理，但需确保程序合法（如送达通知、听取申辩等）。
总结：员工被刑事拘留期间，社保原则上需继续缴纳；若被依法追究刑事责任，用人单位可解除劳动合同并停缴社保。具体操作需结合案件进展及劳动关系状态，建议用人单位在处理前咨询专业律师以规避风险。