在劳动仲裁期间，公司一般不能停员工的社保。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》：该法规定，用人单位解除劳动合同的情形并未包括劳动仲裁期间。因此，在劳动仲裁期间，如果劳动者未和用人单位解除劳动合同关系，用人单位应当正常为劳动者缴纳社保。
2. 《中华人民共和国社会保险法》：该法第四条明确指出，中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费。这意味着，只要劳动者与用人单位的劳动关系仍然存在，用人单位就有义务为劳动者缴纳社保。

二、一般情况

在劳动仲裁期间，双方的劳动关系仍处于存续状态。因此，除非已经解除了与劳动者的劳动合同，否则用人单位不能擅自停止为劳动者缴纳社保。这是因为社保缴纳是用人单位的法定义务，停止缴纳可能会损害劳动者的权益。

三、特殊情况

虽然一般情况下不能停缴社保，但也存在一些特殊情况：

1. 协商一致：如果劳动者和用人单位协商一致，达成了暂停缴纳社保的协议，并且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么在协议约定的期限内可以暂停缴纳社保。
2. 劳动仲裁结果：如果劳动仲裁结果判定用人单位无需再为劳动者缴纳社保，自裁决生效之日起，用人单位可以依据裁决停止缴纳社保。

四、劳动者权益保障

如果用人单位在劳动仲裁期间擅自停缴社保，劳动者可以向劳动监察大队投诉，或者以此为由申请仲裁，要求用人单位补缴社保并承担相应的法律责任。

综上所述，劳动仲裁期间公司一般不能停员工的社保，除非已经解除了与劳动者的劳动合同或者存在特殊情况和合法合规的约定。公司应当遵守相关法律法规，保障劳动者的合法权益。