结论：明知道自己肩膀不好还在厂里继续干活，是否算工伤不能一概而论，需要结合具体情况来判断。

分析如下：

1. 工伤认定的一般原则：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤通常指的是在工作过程中，因工作原因受到的伤害。这包括工作时间、工作场所内因工作原因受到的事故伤害，以及因履行工作职责受到的暴力等意外伤害。
   • 此外，还包括在工作时间和工作岗位上，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的情况，以及在抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到的伤害等。

2. 关于自身疾病与工伤的关系：

   • 如果员工本身肩膀不好，但这一状况并未因工作原因而加重或引发新的伤害，那么通常不被视为工伤。因为工伤认定强调的是“因工作原因”受到的伤害。
   • 然而，如果员工在明知自己肩膀不好的情况下，仍然坚持工作，并且由于工作原因（如长时间重复动作、过度用力等）导致肩膀病情加重或引发新的伤害，那么这种情况有可能被认定为工伤。这需要根据具体的工作环境、工作性质以及伤害与工作的关联性来综合判断。

3. 实际案例与判断标准：

   • 在实际案例中，工伤认定的过程往往比较复杂，需要综合考虑多种因素。例如，员工的工作性质、工作环境、工作时间、伤害发生的具体经过等。
   • 此外，还需要参考医疗机构的诊断证明、工伤认定部门的调查报告等证据材料。只有这些证据材料充分、确凿，才能支持工伤认定的结论。

建议：

• 如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议首先及时就医并保存好相关的医疗证明和诊断报告。
• 同时，尽快向所在单位报告，并按照单位的要求填写工伤认定申请表等相关材料。
• 在申请工伤认定过程中，如果遇到任何困难或疑问，可以及时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。

可能涉及的法律后果：

• 如果最终被认定为工伤，员工将有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用报销、停工留薪期工资、伤残补助金等。
• 如果未被认定为工伤，员工则需要自行承担医疗费用等相关损失。但在此情况下，如果员工认为单位存在过错或未尽到安全保障义务等，仍有可能通过其他法律途径（如民事诉讼）来维护自己的合法权益。