经营性科研成果的协议出让问题，需结合科研成果的性质、出让方式及相关法律法规进行综合分析，结论如下：

1. 经营性科研成果的权属与出让基础

   • 经营性科研成果通常指通过科研活动形成的、具有商业价值的技术成果或知识产权（如专利、技术秘密等）。其权属可能归属于科研机构、企业或个人，具体取决于科研活动的组织形式、资金来源及合同约定。
   • 若科研成果属于职务发明或职务成果，其权属可能归单位所有，个人仅享有署名权或奖励权。此时，出让需经单位同意，并遵循单位内部规定或合同约定。
   • 若科研成果属于非职务发明或个人成果，其权属归个人所有，个人有权自主决定是否出让及出让条件。

2. 协议出让的合法性分析

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国专利法》等相关法律法规，科研成果的出让（包括转让、许可使用等）需遵循自愿、平等、公平、诚实信用的原则，并签订书面合同。
   • 出让方式：协议出让是科研成果出让的常见方式之一，即双方通过协商达成一致，签订出让合同，明确出让标的、价格、期限、权利义务等条款。
   • 合法性要件：协议出让需满足以下条件：
     • 出让方需对科研成果享有合法的处分权；
     • 出让合同内容需合法，不得违反法律法规的强制性规定或公序良俗；
     • 若涉及国有资产或职务成果，需履行相关审批或备案程序。

3. 协议出让的流程与注意事项

   • 流程：
     1. 评估科研成果的价值，确定出让价格及条件；
     2. 双方协商并签订书面出让合同，明确权利义务；
     3. 履行相关审批或备案程序（如涉及国有资产或职务成果）；
     4. 办理科研成果权属变更登记（如专利转让需向国家知识产权局办理变更登记）；
     5. 支付出让费用并交付科研成果相关资料。
   • 注意事项：
     • 确保出让方对科研成果享有合法的处分权，避免侵权纠纷；
     • 明确出让合同中的权利义务，特别是保密义务、竞业限制等条款；
     • 履行相关审批或备案程序，确保出让行为的合法性；
     • 保留好出让合同及相关证据，以备后续维权或纠纷解决之需。

4. 特殊情形下的协议出让

   • 涉及国有资产：若科研成果属于国有资产，其出让需遵循《企业国有资产交易监督管理办法》等相关规定，履行评估、审批、公开交易等程序。
   • 涉及职务成果：若科研成果属于职务成果，其出让需经单位同意，并可能需向单位支付一定的费用或分享收益。
   • 涉及国际合作：若科研成果涉及国际合作或跨境出让，需遵守相关国际条约或双边协议，并可能需履行外汇管理、出口管制等程序。

总结与建议：经营性科研成果可以协议出让，但需确保出让方对科研成果享有合法的处分权，并遵循相关法律法规及合同约定。在出让过程中，建议咨询专业律师或知识产权代理机构，以确保出让行为的合法性及有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。