协议出让市政经营权是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合法情形

1. 符合法律法规及政策规定：

   • 若协议出让市政经营权的行为严格遵循了国家及地方关于市政公用事业特许经营、公共资源交易等相关法律法规，如《市政公用事业特许经营管理办法》等，且经过了合法的审批程序，那么这种出让行为是合法的。
   • 例如，某市政府通过公开招标、拍卖等公平竞争方式，将城市供水、供气、供热等市政公用事业的经营权出让给符合条件的企业，并签订了特许经营协议，这种行为就是合法的。

2. 政府授权或委托：

   • 在某些情况下，政府可能通过授权或委托的方式，将市政经营权出让给特定的企业或机构。这种出让行为如果得到了政府的明确授权或委托，并且符合相关法律法规的规定，也是合法的。

二、不合法情形

1. 违反法律法规及政策规定：

   • 若协议出让市政经营权的行为违反了国家及地方关于市政公用事业特许经营、公共资源交易等相关法律法规的规定，如未经合法审批程序、未通过公开竞争方式等，那么这种出让行为就是不合法的。
   • 例如，某市政府未经公开招标、拍卖等程序，直接将城市污水处理厂的经营权出让给某企业，这种行为就可能因违反相关法律法规而无效。

2. 损害公共利益：

   • 市政经营权涉及公共资源的配置和公共服务的提供，因此其出让行为必须考虑公共利益。如果协议出让市政经营权的行为损害了公共利益，如导致公共服务质量下降、价格不合理上涨等，那么这种出让行为也是不合法的。

3. 存在腐败或利益输送：

   • 如果协议出让市政经营权的过程中存在腐败行为或利益输送，如行贿受贿、权钱交易等，那么这种出让行为不仅不合法，还可能构成犯罪。

三、法律建议

1. 严格遵守法律法规：

   • 在进行协议出让市政经营权时，必须严格遵守国家及地方关于市政公用事业特许经营、公共资源交易等相关法律法规的规定，确保出让行为的合法性。

2. 加强监管和审查：

   • 政府应加强对市政经营权出让行为的监管和审查，确保出让过程公开、公平、公正，防止腐败行为和利益输送的发生。

3. 考虑公共利益：

   • 在出让市政经营权时，必须充分考虑公共利益，确保公共服务的质量和价格合理，避免损害公共利益的行为发生。

若您对协议出让市政经营权的合法性有进一步疑问，或涉及具体案件需要法律帮助，可以直接向我咨询，我将结合您的具体情况提供更详细的法律分析和建议。