结论：事业单位工作人员开公司做本系统工程，既可能构成违纪，也可能构成违法，具体取决于多种因素，包括该工作人员的身份、职务、行为性质以及是否违反了相关法律法规和单位规定。以下从多个角度进行详细分析：
一、违纪角度
违反单位规定：
- 事业单位通常有其内部的管理规定和纪律要求，包括工作人员不得从事与本职工作相关的营利性活动，或者需要事先获得批准等。如果该工作人员未经批准，擅自开公司从事本系统工程，很可能违反了单位的相关规定，构成违纪。
利益冲突：
- 事业单位工作人员开公司做本系统工程，可能存在利益冲突的问题。即该工作人员可能利用其在事业单位的职务便利，为本公司谋取不正当利益，或者损害事业单位的利益。这种行为不仅违反了职业道德，也可能构成违纪。
二、违法角度
违反法律法规：
- 如果该工作人员的行为违反了国家相关的法律法规，如《公务员法》、《事业单位工作人员处分暂行规定》等，就可能构成违法。例如，如果该工作人员是公务员或者参照公务员管理的事业单位工作人员，其开公司从事营利性活动的行为可能违反了《公务员法》的相关规定。
贪污受贿或滥用职权：
- 在开公司做本系统工程的过程中，如果该工作人员利用职务上的便利，贪污、受贿或者滥用职权，为本人或者他人谋取私利，就可能构成贪污受贿罪或滥用职权罪等刑事犯罪。
三、具体情形分析
身份与职务：
- 事业单位工作人员的身份和职务不同，其行为的性质和后果也可能不同。例如，如果是普通工作人员，其开公司做本系统工程的行为可能主要构成违纪；而如果是领导人员或者关键岗位人员，其行为可能更可能构成违法。
行为性质：
- 行为的性质也是判断其是否违纪或违法的重要因素。如果该工作人员只是利用业余时间，以个人名义开公司，且未利用职务便利，也未损害事业单位的利益，那么其行为可能只是违纪；但如果其利用职务便利，为本公司谋取不正当利益，或者损害事业单位的利益，那么其行为就可能构成违法。
四、法律建议
遵守单位规定和法律法规：
- 事业单位工作人员在开公司做本系统工程前，应仔细了解并遵守单位的相关规定和国家的法律法规，确保自己的行为合法合规。
避免利益冲突：
- 应避免利用职务便利为本公司谋取不正当利益，或者损害事业单位的利益。如果存在利益冲突的情况，应及时向单位报告并寻求解决方案。
咨询专业意见：
- 在开公司做本系统工程前，建议咨询专业的法律人士或律师，了解自己的行为可能面临的法律风险和后果，以便做出明智的决策。
最后，事业单位工作人员开公司做本系统工程是一个复杂的问题，既可能构成违纪，也可能构成违法。因此，在做出决策前，应仔细考虑各种因素，并咨询专业的法律人士或律师的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。