结论：单位在保洁员工请假半天时扣工资是否合法，需根据具体情况判断，主要看单位规章制度是否合法合理以及请假是否符合规定。以下为详细分析：
一、单位规章制度合法合理是前提
规章制度需经民主程序制定：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果单位的规章制度未经民主程序制定，或者制定过程中未征求员工意见，那么该规章制度可能不具备法律效力，单位依据此规章制度扣工资的行为可能不合法。
规章制度内容需合法合理：
- 规章制度的内容应当符合法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。例如，规章制度中规定的扣工资比例、扣工资情形等应当合理，不能过分苛刻或显失公平。
- 如果规章制度中的扣工资条款违反了法律法规的强制性规定，或者明显不合理，那么该条款可能无效，单位依据此条款扣工资的行为也可能不合法。
二、请假是否符合规定是关键
请假流程需合规：
- 员工请假应当按照单位规定的流程进行申请和审批。如果员工未按照规定流程请假，或者请假未获批准而擅自离岗，那么单位有权根据规章制度进行处理，包括扣工资。
- 但如果员工已经按照规定流程请假，并且获得了批准，那么单位在员工请假期间扣工资的行为可能缺乏合法依据。
请假事由需合理：
- 员工请假的事由应当合理且符合单位规章制度的规定。例如，员工因病请假、因事请假等，如果符合单位规章制度中的请假条件，那么单位应当批准并按照规定支付工资或扣减相应工资（如果规章制度中有规定且合法合理）。
- 如果员工请假的事由不合理或者不符合单位规章制度的规定，那么单位有权拒绝批准请假或者根据规章制度进行处理。
三、实际操作中的建议
审查单位规章制度：
- 员工可以仔细审查单位的规章制度，特别是关于请假和工资扣减的部分，看其是否合法合理。如果发现规章制度存在问题，可以向单位提出异议或者向劳动监察部门投诉。
保留证据：
- 员工在请假时应当保留好相关证据，如请假条、审批记录等。如果单位在员工请假期间扣工资，员工可以凭借这些证据来维护自己的合法权益。
协商或投诉：
- 如果员工认为单位扣工资的行为不合法或者不合理，可以先与单位进行协商，寻求解决方案。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。
举例说明：假设某单位的规章制度规定，员工请假半天需扣减当天工资的50%，但该规章制度未经民主程序制定且扣减比例过高。在这种情况下，如果员工请假半天且符合请假流程，单位扣减员工当天工资50%的行为就可能不合法。员工可以向单位提出异议或者向劳动监察部门投诉来维护自己的权益。
总之，单位在保洁员工请假半天时扣工资是否合法，需根据单位规章制度是否合法合理以及请假是否符合规定来判断。如果员工对此有疑问或者认为单位的行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。