建筑工程团体人身意外伤害保险的保险金通常不能直接抵扣赔偿款，但需分情况讨论，具体分析如下：

1. 保险性质决定不能直接抵扣
   建筑工程团体人身意外伤害保险属于商业保险，其本质是保险公司与投保人（施工单位）之间的合同关系。保险金的赔付对象是被保险人（即受伤的施工人员），目的是补偿其因意外导致的损失。而赔偿款通常指施工单位因侵权或违约需向第三方（如受伤员工）支付的法定赔偿，二者性质不同，保险金不能直接冲抵施工单位应承担的法定赔偿责任。

2. 例外情形：若保险合同有特别约定
   若保险合同中明确约定“保险金可抵扣施工单位对被保险人的赔偿义务”，且该条款不违反法律强制性规定（如不损害被保险人合法权益），则可能被认定为有效。但此类条款在实践中较少见，且需满足以下条件：

   • 被保险人（施工人员）明确知晓并同意该条款；
     
   • 抵扣后被保险人获得的补偿不低于其实际损失（避免保险公司与施工单位通过条款规避法定赔偿义务）。

3. 实务中的操作建议

   • 对施工单位：若希望降低赔偿风险，可同时投保雇主责任险（该险种直接保障雇主对员工的赔偿责任，保险金可抵扣赔偿款），而非仅依赖团体意外险。
     
   • 对施工人员：若已获得团体意外险赔付，仍可向施工单位主张法定赔偿（如工伤待遇），二者可并行主张，但需避免重复获赔（如医疗费等实际支出部分）。

总结：团体意外险的保险金原则上不能抵扣赔偿款，但需结合保险合同条款、被保险人权益保护等因素综合判断。若涉及具体案件，建议提供保险合同、事故责任认定等材料进一步分析。