结论：合同在法定代表人处盖章但由委托代理人签署，其有效性需分情况讨论，主要取决于是否满足法律规定的代理要求及合同成立的形式要件。以下从不同角度详细分析：

1. 若委托代理人有合法授权，合同有效

根据《中华人民共和国民法典》第一百六十一条至第一百六十五条，代理人以被代理人名义实施的法律行为，对被代理人发生效力，但需满足以下条件：

• 授权形式：授权委托书需明确代理权限（如签署合同）、代理事项及代理期限。若为书面授权，需由法定代表人签字或盖章；若为口头授权，需有其他证据佐证（如录音、聊天记录）。
• 代理行为范围：代理人必须在授权范围内签署合同。若超越权限（如未经授权签订担保条款），可能构成无权代理，需被代理人追认后才生效。
• 合同形式要件：合同需符合法定形式（如书面合同需双方签字或盖章）。若法定代表人已盖章，即使由代理人签字，通常视为双方意思表示一致，合同成立。

示例：A公司法定代表人授权员工B签署采购合同，B在合同上签字并加盖A公司公章，合同有效。

2. 若委托代理人无合法授权，合同效力待定

若代理人未取得授权或超越权限签署合同，根据《民法典》第一百七十一条，合同效力待定，需被代理人追认：

• 追认方式：被代理人可通过书面声明、实际履行合同等方式明确表示同意。
• 未追认的后果：若被代理人拒绝追认，合同对被代理人不发生效力，由行为人（代理人）承担责任。

示例：C公司员工D未经授权签署销售合同，C公司事后拒绝追认，合同对C公司无效，D可能需赔偿对方损失。

3. 特殊情形：表见代理

根据《民法典》第一百七十二条，若相对人有理由相信代理人有代理权（如持有加盖公章的空白合同、授权委托书），即使代理人实际无权，合同仍对被代理人有效。

示例：E公司员工F持加盖公章的空白合同与G公司签约，G公司有理由相信F有代理权，即使E公司未实际授权，合同仍对E公司有效。

4. 实践建议

• 对合同相对方：签约前核实代理人授权文件，要求提供加盖公章的授权委托书原件或复印件。
• 对被代理人：严格管理公章及授权文件，避免员工私自使用；若发现无权代理，及时书面拒绝追认。
• 对代理人：确保在授权范围内行事，避免超越权限引发纠纷。

总结：合同在法定代表人处盖章但由委托代理人签署，其有效性取决于代理权限是否合法、合同形式是否完备。若您遇到具体纠纷，可提供合同文本、授权文件等材料，我将进一步分析风险点并制定应对策略。