合同签字并盖章，但由法人代签的情况下，合同是否有效需分情况讨论：

1. 法人代签有合法授权

   • 如果法人代签行为是基于公司的明确授权，比如法人出具了书面的授权委托书，授权特定人员代表其签字，或者公司内部有明确的规章制度规定某些人员有权代表法人签字，那么这种代签行为是有效的。在这种情况下，合同上加盖的公司公章或合同专用章，结合有权代签人员的签字，足以证明合同是公司的真实意思表示，合同一般有效。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。因此，在法人授权范围内代签合同，合同效力及于公司。

2. 法人代签无合法授权但公司事后追认

   • 即便法人代签时没有明确的授权，但如果公司事后对代签行为进行了追认，比如通过书面确认、实际履行合同等方式表明公司接受该合同，那么合同也是有效的。
   • 法律依据：根据《民法典》中关于无权代理的规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。但是，被代理人开始履行合同义务或者接受相对人履行的，视为对合同的追认。

3. 法人代签无合法授权且公司未追认

   • 如果法人代签行为既没有合法授权，公司事后也未进行追认，那么这种代签行为可能构成无权代理。在这种情况下，合同效力处于待定状态，需要看公司是否最终认可该合同。如果公司不认可，合同可能对公司不发生效力。
   • 特殊情形：如果相对人（即合同另一方）有理由相信代签人员有代理权（比如代签人员长期代表公司签订合同，形成了表见代理的外观），那么根据表见代理的规定，合同可能仍然对公司有效。
   • 法律依据：根据《民法典》中关于表见代理的规定，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。

4. 合同中有特殊约定

   • 如果合同中明确约定“本合同自法人签字并盖章之日起生效”，那么仅盖章而法人未签字（即便是代签）的情况下，合同将因未满足约定的生效条件而不发生法律效力。当然，如果公司事后对代签行为进行了追认，或者存在表见代理的情形，合同仍可能有效。

建议：

• 在签订合同时，尽量确保法人本人签字或获得法人的明确授权后再进行代签，以避免不必要的法律风险。
• 如果确实需要法人代签，建议保留好授权委托书或相关证据，以证明代签行为的合法性。
• 在合同履行过程中，如果发现合同效力存在问题，应及时与公司沟通并寻求法律解决方案。

总结：合同签字并盖章但由法人代签的有效性取决于多个因素，包括代签是否有合法授权、公司是否追认、合同中是否有特殊约定等。在具体判断时，需要综合考虑这些因素并依据相关法律法规进行分析。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。