合同盖章后由代表人签字，在一般情况下是有效的。以下从多个角度为您详细分析：
法律规定层面：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款明确表明，签名和盖章是并列关系，没有强制性的先后顺序要求。因此，合同先盖章后由代表人签字，并不影响合同的成立与生效。
意思表示层面：
- 盖章的法律效力：盖章在商业和法律事务中，通常代表盖章主体对文件的认可和承担法律责任的意愿。它体现了盖章主体对合同条款的审查和对合同约束的接受。
- 签字的法律效力：签字是确认合同内容并自愿承担合同义务的重要方式。它体现了签字人的真实意愿和个性化行为。在合同中，代表人的签字通常被视为其代表公司或组织对合同内容的确认和接受。
司法实践层面：
- 法院在判断合同效力时，更注重审查当事人的真实意思表示和合同的实际履行情况，而非仅仅关注签字和盖章的顺序。只要能够证明当事人在盖章和签字时对合同内容是明知且自愿接受的，且不存在其他导致合同无效的法定情形，合同通常会被认定为有效。
特殊情况的考虑：
尽管一般情况下合同盖章后由代表人签字是有效的，但以下特殊情况可能会影响合同的效力：
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果一方在盖章或签字时受到欺诈、胁迫或存在重大误解，该方可以请求撤销合同。例如，通过欺骗手段使另一方在不知情的情况下先盖章，再由代表人在受欺骗的情况下签字，受欺骗方有权向法院或仲裁机构申请撤销合同。
对盖章或签字的真实性存在争议：
- 如果一方对另一方的盖章或签字真实性提出质疑，并通过司法鉴定等方式证明其伪造，那么合同的效力将受到严重影响，可能会被认定为无效。
代表人权限问题：
- 如果代表人没有获得公司或组织的明确授权，或者超越了其授权范围进行签字，那么该签字可能无效，进而影响合同的效力。因此，在签订合同时，应确保代表人具有合法的代表权限。
特殊约定：
- 如果合同中明确规定了签字和盖章的先后顺序，或者设定了特殊的生效条件（如“签字并盖章”才生效），则必须按照这些约定执行。先盖章后由代表人签字若不符合约定的生效条件，可能会影响合同的效力。
总结与建议：
综上所述，合同盖章后由代表人签字在一般情况下是有效的，但具体效力还需根据双方当事人的真实意思表示、合同内容的合法性、签字盖章的真实性、代表人的权限以及是否存在特殊约定等多种因素来综合判断。在实际操作中，建议当事人在签订合同时尽量明确签字盖章的顺序和生效条件，并确保代表人具有合法的代表权限，以避免潜在的纠纷和风险。如果您在合同签订过程中遇到任何疑问或问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。