您好，关于您提出的“档案里没有自动离职证明材料能否认为自动离职”的问题，首先需要明确的是，在现行的劳动法律法规中，并不存在“自动离职”这一概念。

法律分析

1. “自动离职”的来源与现状：

   • “自动离职”这一说法最初来源于一些已经失效的文件，如《关于自动离职与旷工除名如何界定的回复》及《关于企业处理擅自离职职工问题的复函》。但在《劳动合同法》实施之后，这一概念已经不再适用。

2. 现行法律对离职的规定：

   • 根据《劳动合同法》的规定，员工离职主要有两种方式：一是辞职，即员工提前通知用人单位解除劳动合同；二是用人单位依法解除劳动合同，如员工严重违纪、公司经济性裁员等。

3. 档案里没有自动离职证明材料的含义：

   • 档案里没有自动离职证明材料，并不能直接认定为自动离职。因为“自动离职”本身就不是一个法律上的概念，所以无法以此作为认定离职的依据。

实际操作建议

1. 用人单位应如何处理：

   • 当员工出现类似“自动离职”、“不辞而别”等情形时，用人单位应当将这些情形纳入到离职管理的范畴，要求员工办理辞职手续、送达催告复工通知书等。
   • 如果联系不上员工，用人单位应当及时按照严重违反规章制度等理由与员工解除劳动关系，并保留好相关证据，如书面通知、邮寄凭证等，以避免劳动关系一直存续。

2. 员工应如何维护自己的权益：

   • 如果员工被用人单位单方面解除劳动合同，且用人单位没有按照法律规定来操作，如未提前通知、未支付经济补偿等，员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求用人单位支付违法解除的赔偿金。
   • 员工在离职过程中，应当保留好相关证据，如劳动合同、工资流水、考勤记录、解除通知等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。

风险提示

• 用人单位不得以“自动离职”为由单方面解除劳动合同而不支付赔偿金，否则将面临法律风险。
• 员工在离职过程中，应当谨慎签署任何文件，特别是“自愿离职协议”或“协商一致解除合同”等文件，以免损害自己的权益。

综上所述，档案里没有自动离职证明材料并不能认为自动离职。在处理离职问题时，用人单位和员工都应当遵循现行的劳动法律法规，确保离职过程的合法性和合规性。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。