结论：针对“因调班不同意三天算离职”这一情况，需分不同角度进行分析，不能一概而论，具体如下：
- 从公司规章制度角度
- 若公司规章制度合法且明确规定：如果公司的规章制度是经过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），并且已经向劳动者公示或者告知（比如组织员工学习规章制度并签字确认、在公司内部办公系统公示等），同时该规定不违反法律法规的强制性规定。在这种情况下，若员工不同意调班，公司依据规章制度以员工三天未到新班次工作视为自动离职，从形式上来说公司有一定的依据。
- 但公司仍需谨慎处理：即便规章制度有相关规定，公司也不能简单地直接认定员工离职。公司应当与员工进行充分的沟通和协商，了解员工不同意调班的原因。如果员工有合理的理由（如家庭特殊情况、身体原因等），公司应考虑是否可以调整调班方案或者给予一定的缓冲期。如果公司直接认定员工离职，可能涉嫌违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。
- 从劳动合同角度
- 若劳动合同有相关约定：如果劳动合同中明确约定了工作岗位、工作时间等内容，并且没有关于公司可以单方面调班以及员工不同意调班的处理方式的条款。那么公司单方面调班属于变更劳动合同内容，根据《劳动合同法》第三十五条规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。在这种情况下，员工不同意调班是合理的，公司不能以员工三天不到新班次工作为由认定员工离职。
- 若劳动合同无相关约定：即使劳动合同没有关于调班的具体约定，公司也不能随意调班。公司调班应当基于生产经营的必要，并且不能对劳动者的权益造成过大的影响。如果公司调班缺乏合理性，员工有权拒绝，公司不能据此认定员工离职。
- 从实际操作和法律风险角度
- 公司应避免简单粗暴处理：公司以员工不同意调班三天算离职的做法，容易引发劳动纠纷。一旦员工申请劳动仲裁，公司需要承担举证责任，证明其调班的合理性、规章制度的合法性以及处理程序的合法性等。如果公司无法充分举证，将面临败诉的风险，可能需要支付经济补偿金或者赔偿金。
- 员工可采取的应对措施：如果员工遇到这种情况，首先应当保留相关证据，如公司的调班通知、与公司的沟通记录等。然后可以与公司进行协商，要求公司撤销错误的离职认定，恢复劳动关系或者给予合理的经济补偿。如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。