药店负责人离职是否合规，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同与离职程序角度
劳动合同约定：
- 如果药店负责人与公司签订的劳动合同中明确规定了离职的程序、通知期限等条款，那么负责人离职时需严格遵守这些约定。若未按照约定程序离职，可能构成违约，需承担相应的违约责任。
法定离职程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者离职通常需提前通知用人单位。具体通知期限根据劳动合同期限和岗位性质而定，一般为三十日（试用期为三日）。若药店负责人未依法提前通知即离职，可能给药店造成损失，药店有权要求其赔偿。
二、从药店内部管理规定角度
内部规章制度：
- 药店可能制定了内部管理规定，对负责人的离职流程、交接事项等作出具体规定。若负责人离职时未遵守这些规定，如未完成工作交接、未妥善保管药店财物等，药店可依据内部规定对其进行处理，甚至追究其法律责任。
特殊岗位规定：
- 对于药店负责人这类特殊岗位，药店可能制定了更为严格的离职规定，如要求离职前进行审计、签署保密协议等。若负责人未遵守这些特殊规定，同样可能面临法律责任。
三、从合规性审查角度
离职原因合规性：
- 药店负责人离职的原因需合法合规。若因个人原因离职，应确保不违反劳动合同约定和药店内部规定；若因药店违法行为（如拖欠工资、未提供劳动保护等）而离职，负责人有权依法主张权益，且其离职行为通常被视为合法。
离职手续合规性：
- 药店负责人离职时，应办理完整的离职手续，包括工作交接、财物归还、社保转移等。若手续不全或存在争议，可能影响离职的合规性，甚至引发劳动纠纷。
四、建议与措施
对于药店：
- 应制定完善的离职管理制度，明确离职程序、通知期限、交接事项等要求，确保负责人离职时能够有序进行。
- 在负责人离职时，应与其进行充分沟通，了解离职原因，并协助其办理离职手续，避免引发不必要的纠纷。
对于药店负责人：
- 在离职前，应仔细阅读劳动合同和药店内部规定，了解离职程序和要求，确保自己的离职行为合法合规。
- 若因药店违法行为而离职，应保留相关证据，以便在必要时依法主张权益。
若你对药店负责人离职的合规性有具体疑问或遇到相关纠纷，可直接向我咨询。我将结合你的具体情况，为你提供专业的法律建议和解决方案。