关于自动离职如何解除劳动合同协议的问题，这是一个涉及法律程序和双方权益的重要环节。以下是我为您提供的详细解答：
一、自动离职的法律含义
自动离职，通常指的是劳动者在未与用人单位协商一致或未按照法定程序办理离职手续的情况下，擅自离开工作岗位的行为。这种行为在法律上并不等同于双方协商一致的解除劳动合同，也不属于法定的单方解除劳动合同的情形，如预告解除或即时解除。
二、自动离职后劳动合同的解除方式
用人单位的处理方式：
- 通知劳动者：用人单位在发现劳动者自动离职后，应及时通过书面形式（如邮寄解除劳动合同通知书）通知劳动者，明确表明因其自动离职行为，双方劳动合同已解除。通知中应详细阐述解除的原因、依据及具体时间。
- 办理解除手续：用人单位在通知发出后，需依法为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续，并出具解除劳动合同的证明。
劳动者的应对方式：
- 及时回应：劳动者在收到用人单位的解除劳动合同通知后，如有异议，应在规定时间内提出申诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 配合办理手续：如无异议，劳动者应积极配合用人单位办理解除劳动合同的相关手续，包括交接工作、归还公司财物等，确保离职过程的顺利进行。
特殊情况下的处理：
- 视为协商一致解除：如果劳动者自动离职后，用人单位未立即作出处理，而是继续为其缴纳社保或发放工资，这种情况可能被视为双方对劳动合同的变更达成了一致，即视为协商一致解除劳动合同。但这种情况在实践中较为少见，且存在法律风险，因此不建议劳动者或用人单位采取这种方式。
- 旷工达到法定期限：根据《劳动合同法》第三十九条的规定，如果用人单位的规章制度明确规定旷工达到一定天数（如连续旷工三天以上）视为严重违纪，用人单位可以据此解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。
三、注意事项
- 保留证据：无论是用人单位还是劳动者，在处理自动离职案件时，都应保留好相关证据，如考勤记录、工资支付记录、解除劳动合同通知书等，以备不时之需。
- 遵守法定程序：解除劳动合同时，双方都应严格遵守法定程序，确保双方的权益得到妥善保护。用人单位应依法为劳动者办理离职手续，劳动者也应按照要求配合办理。
- 避免法律风险：自动离职可能导致劳动者失去经济补偿金的权利，甚至面临被追究违约责任的风险。因此，建议劳动者在离职前与用人单位进行充分沟通，按照法定程序办理离职手续，以避免不必要的法律纠纷。
综上所述，自动离职后劳动合同的解除需要遵循一定的法律程序和规定。无论是用人单位还是劳动者，都应了解自己的权利和义务，确保离职过程的合法性和合规性。如有任何疑问或争议，建议寻求法律途径解决，以维护各自的合法权益。