结论：若公司不签合同且克扣工资的申请时效已过，劳动者并非完全无法维权，仍可通过协商、投诉、举报或提起民事诉讼等途径寻求救济，但需注意不同途径的适用条件和法律效果。以下从多个角度详细分析：
一、申请时效已过的法律后果
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若劳动者未在一年内申请仲裁，且无法证明存在时效中断或中止的情形，则仲裁机构将不予受理或驳回申请。这意味着，从仲裁程序上看，劳动者可能因时效已过而失去通过仲裁解决争议的机会。
二、时效已过后的维权途径
尽管仲裁时效已过，但劳动者仍可通过以下途径维护自身权益：
与公司协商：
- 劳动者可尝试与公司进行协商，要求公司补签劳动合同、支付被克扣的工资及可能的赔偿。协商过程中，劳动者可保留相关证据，如工资条、工作记录等，以支持自己的主张。
向劳动监察部门投诉：
- 劳动者可向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司改正违法行为，如补签劳动合同、支付工资等。投诉不受仲裁时效的限制，因此即使仲裁时效已过，劳动者仍可通过投诉途径寻求救济。
向劳动行政部门举报：
- 劳动者还可向劳动行政部门举报公司的违法行为。劳动行政部门在接到举报后，会进行调查核实，并依法对公司进行处理。举报同样不受仲裁时效的限制。
提起民事诉讼：
- 若劳动者能够证明公司存在违法行为，且因公司行为遭受了损失，即使仲裁时效已过，劳动者仍可向法院提起民事诉讼，要求公司承担民事责任。但需注意，民事诉讼的诉讼时效通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，劳动者需在诉讼时效内提起诉讼。
三、特殊情况下的时效延长或中断
在某些特殊情况下，劳动争议的仲裁时效可能延长或中断：
时效延长：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第三款，因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
时效中断：
- 同样根据该法条，仲裁时效因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
四、建议与注意事项
及时行动：
- 劳动者在发现公司存在不签合同、克扣工资等违法行为时，应尽快采取行动，避免因拖延而导致时效过期。
保留证据：
- 劳动者应保留与工作相关的所有证据，如工资条、工作记录、劳动合同（如有）、沟通记录等，以支持自己的主张。
咨询专业律师：
- 在维权过程中，劳动者可咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的维权途径和法律效果。
综合考虑维权成本：
- 劳动者在维权时，应综合考虑维权成本（如时间、金钱等）与可能获得的赔偿或补偿，做出合理的决策。
若你面临公司不签合同且克扣工资的问题，且申请时效已过，不要放弃维权。你仍可通过协商、投诉、举报或提起民事诉讼等途径寻求救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。