机构更名并不直接导致原职务自然免除。职务的存续与变更通常取决于公司内部的决策、相关法律法规以及劳动合同或公司章程中的具体规定。以下是对此问题的详细分析：
公司内部决策：
- 职务的任免通常属于公司内部管理权的范畴，由公司董事会、股东会或相关管理层根据公司的经营需要和内部规定进行决策。
- 机构更名本身并不直接触发职务的变更或免除，除非公司内部有明确规定或决策表明更名将导致职务的调整。
法律法规：
- 在一般情况下，法律法规不会直接规定机构更名会导致职务自然免除。职务的变更或免除通常需要遵循一定的法律程序，如提前通知、协商、补偿等。
- 如果机构更名涉及到公司合并、分立、解散等重大变更，那么根据《公司法》等相关法律法规，可能需要按照法定程序进行职务的调整或免除。但这种情况下的职务变更并非由更名直接导致，而是由更名所引发的公司结构变化所导致。
劳动合同或公司章程：
- 职务的存续与变更还可能受到劳动合同或公司章程的约束。如果劳动合同或公司章程中明确规定了职务的变更或免除条件，那么应当遵循这些规定。
- 在机构更名的情况下，如果劳动合同或公司章程中没有明确规定更名将导致职务自然免除，那么原职务通常不会因此自动免除。
建议：
- 如果您是公司员工，且担心机构更名会影响您的职务，建议您首先查阅您的劳动合同和公司章程，了解其中关于职务变更或免除的具体规定。
- 如果您认为机构更名导致您的职务被不当免除，您可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。如果协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
- 如果您是公司管理层或决策者，在考虑机构更名时，应当充分考虑更名对员工职务的影响，并遵循相关法律法规和公司章程的规定进行决策。
总之，机构更名并不直接导致原职务自然免除。职务的变更或免除需要遵循公司内部决策、相关法律法规以及劳动合同或公司章程的具体规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。