结论：甲方不在竣工验收上签字，但实际使用多年的情况下，一般可以视为工程已通过竣工验收，但具体还需结合实际情况和法律规定来判断。
分析说明：
实际使用视为验收通过的原则：
- 在建设工程领域，竣工验收是确认工程质量是否符合合同约定和相关标准的重要环节。然而，如果甲方（建设单位）在竣工验收时拒绝签字，但工程实际上已经被甲方使用多年，这通常意味着甲方已经以实际行动接受了工程的质量和状态。
- 根据相关法律法规和司法实践，如果工程已经实际交付使用，且在使用过程中未出现因质量问题导致的重大事故或纠纷，那么可以合理推断甲方已经默认了工程的竣工验收通过。
合同条款的约定：
- 当然，具体是否视为验收通过，还需要参考双方签订的建设工程合同中的相关条款。如果合同中明确规定了竣工验收的程序和标准，以及甲方不签字时的处理方式，那么应当按照合同约定来执行。
- 如果合同中没有明确规定，或者规定不明确，那么可以根据上述实际使用视为验收通过的原则，结合相关法律法规和司法实践来进行判断。
法律后果与风险：
- 如果甲方长期不签字但实际使用工程，而乙方（施工单位）能够证明工程已经按照合同约定和相关标准完成，且在使用过程中未出现质量问题，那么乙方可以主张工程已经通过竣工验收，并要求甲方支付相应的工程款项。
- 然而，如果工程确实存在质量问题，或者甲方能够提供证据证明工程未达到合同约定的标准，那么甲方有权拒绝支付工程款项，并可能要求乙方承担相应的违约责任。
建议与行动：
- 对于乙方：如果甲方长期不签字但实际使用工程，乙方应当保留好相关证据，如工程交付使用的记录、甲方使用工程的照片或视频等，以证明工程已经实际交付使用且未出现质量问题。同时，乙方可以与甲方进行沟通协商，要求甲方签署竣工验收文件或出具书面确认意见。如果协商无果，乙方可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
- 对于甲方：如果甲方认为工程存在质量问题或未达到合同约定的标准，应当及时向乙方提出书面异议，并要求乙方进行整改或修复。在整改或修复完成后，甲方应当及时组织竣工验收并签署相关文件。如果甲方长期不签字且无正当理由，可能会面临支付工程款项的法律义务和风险。
特殊场景：
- 如果工程涉及公共安全或重大利益，如桥梁、隧道等基础设施工程，那么即使甲方长期不签字但实际使用工程，也不能简单地视为验收通过。在这种情况下，应当严格按照相关法律法规和标准进行竣工验收，并确保工程的质量和安全性。
相关法规：
- 虽然直接针对此问题的具体法规可能因地区和具体合同而异，但一般可以参考《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）中关于建设工程合同的相关规定，以及当地建设行政主管部门发布的关于竣工验收的管理办法或规定。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。