国企不能仅以干部指数超标为由直接取消中层副职岗位，但可以通过合法程序对岗位进行调整或优化。以下从不同角度为你详细分析：

1. 干部指数超标的法律性质

干部指数（或编制）通常属于企业内部管理范畴，由企业根据自身发展需要和上级主管部门的要求设定。干部指数超标本身并不直接构成违法或违规行为，除非该指数设定违反了法律法规的强制性规定（如超编配备干部等）。因此，国企不能仅凭“干部指数超标”这一理由直接取消岗位，否则可能涉及违法解除劳动合同或违反企业内部管理程序。

2. 岗位调整的合法程序

如果国企确实需要调整岗位设置（包括取消中层副职岗位），应当遵循以下合法程序：

• 内部决策程序：国企需通过内部决策机构（如党委会、董事会、总经理办公会等）集体讨论决定，并形成书面决议。
• 民主协商程序：涉及职工切身利益的岗位调整，应当与职工代表大会或工会进行协商，听取意见和建议。
• 劳动合同变更程序：如果岗位调整涉及劳动合同内容的变更（如岗位名称、职责、薪酬等），应当与员工协商一致，并签订书面变更协议。
• 经济补偿程序：如果岗位调整导致员工离职或解除劳动合同，应当依法支付经济补偿。

3. 可能的法律后果

如果国企未经合法程序直接取消中层副职岗位，可能面临以下法律后果：

• 员工主张违法解除劳动合同：员工可以依据《劳动合同法》的规定，主张国企违法解除劳动合同，并要求支付赔偿金（通常为经济补偿标准的2倍）。
• 劳动争议仲裁或诉讼：员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求国企承担法律责任。
• 企业声誉受损：违法解除劳动合同的行为可能损害国企的声誉和形象，影响企业与员工的关系。

4. 建议与措施

• 合法合规调整岗位：国企应当通过合法程序对岗位进行调整或优化，确保调整行为的合法性和合理性。
• 加强沟通与协商：在岗位调整过程中，国企应当加强与员工的沟通和协商，充分听取员工的意见和建议，争取员工的理解和支持。
• 完善内部管理制度：国企应当完善内部管理制度，明确岗位设置、调整和优化的程序和标准，避免类似问题的再次发生。

总结来说，国企不能仅以干部指数超标为由直接取消中层副职岗位，而应当通过合法程序对岗位进行调整或优化。如果你或你所在的国企面临类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和解决方案。