结论：员工签字确认了员工手册但仍不按规定请假，用人单位可以依据员工手册的规定以及相关法律法规，采取相应的管理措施，包括但不限于警告、扣减绩效、解除劳动合同等，但需确保程序合法、证据充分。

详细分析：

1. 员工手册的法律效力：

   • 员工手册作为用人单位制定的内部规章制度，若其内容不违反法律、行政法规及政策规定，且已通过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论、协商确定）并公示或告知劳动者，则具有法律效力。
   • 员工签字确认员工手册，表明其已知悉并同意遵守其中的规定，这构成了员工与用人单位之间的一种约定。

2. 不按规定请假的法律后果：

   • 根据员工手册的规定，不按规定请假可能构成违纪行为。用人单位有权依据员工手册的规定，对违纪员工进行相应的处理，如警告、扣减绩效、解除劳动合同等。
   • 在处理违纪员工时，用人单位需确保程序合法，如事先告知员工违纪事实、听取员工的申辩意见、依据员工手册的规定作出处理决定等。

3. 具体处理措施：

   • 警告：对于初次或轻微违纪的员工，用人单位可以给予警告处理，并记录在案。
   • 扣减绩效：若员工手册中规定了不按规定请假将扣减绩效，用人单位可以依据该规定执行。
   • 解除劳动合同：对于严重违纪或多次违纪的员工，用人单位有权依据《劳动合同法》的相关规定，解除与员工的劳动合同。但需注意，解除劳动合同需符合法定条件，如员工严重违反用人单位的规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等。

4. 证据收集与程序合法性：

   • 在处理违纪员工时，用人单位需收集充分的证据，如员工不按规定请假的记录、员工手册的公示或告知证据、处理决定的送达证据等。
   • 同时，用人单位需确保处理程序合法，如事先告知员工违纪事实、听取员工的申辩意见、依据员工手册的规定作出处理决定，并将处理决定送达员工等。

5. 特殊情况考虑：

   • 若员工不按规定请假是由于特殊原因（如突发疾病、家庭紧急情况等），且能提供相应证明，用人单位应给予一定的理解和宽容，避免过度处理。
   • 若员工对处理决定不服，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，用人单位需做好应对准备。

建议：

• 用人单位应定期对员工手册进行审查和更新，确保其内容合法、有效。
• 在处理违纪员工时，用人单位应坚持程序合法、证据充分的原则，避免因程序不当或证据不足而引发劳动争议。
• 若遇到复杂或疑难的劳动纠纷问题，建议及时咨询专业律师，以确保用人单位的合法权益得到充分保障。

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