结论前置：采购人不可以仅以未收到质疑函为由不予回复，具体分析如下：
一、法律背景与规定
在政府采购或相关商业采购活动中，供应商对采购过程或结果有异议时，通常会通过提交质疑函的方式来表达其诉求。根据《中华人民共和国政府采购法》及相关实施条例，供应商提出质疑后，采购人或采购代理机构应当在收到质疑函后的一定期限内（通常是7个工作日内）作出答复。这一规定旨在保障供应商的合法权益，确保采购活动的公平、公正和透明。
二、采购人不得以未收到为由不予回复的理由
法律义务：采购人或采购代理机构在收到质疑函后，有法定的答复义务。这一义务不因采购人是否实际“收到”质疑函而免除。如果供应商已经按照法定程序提交了质疑函，且能够证明其已经提交（如通过邮寄、电子邮件等方式，并保留了相关证据），那么采购人就不能简单地以未收到为由拒绝答复。
证据规则：在法律程序中，证据的提交和认定是关键。如果供应商能够提供其已经提交质疑函的证据（如邮寄凭证、电子邮件发送记录等），那么采购人就需要对其未收到质疑函的主张提供反证。如果采购人无法提供充分的反证，那么其未收到质疑函的主张就难以成立。
公平原则：采购活动应当遵循公平、公正和透明的原则。如果采购人可以随意以未收到质疑函为由拒绝答复，那么这将严重损害供应商的合法权益，破坏采购活动的公平性和公正性。
三、实际操作建议
供应商：在提交质疑函时，应当确保按照法定程序进行，并保留好相关证据（如邮寄凭证、电子邮件发送记录等）。如果采购人拒绝答复或未在规定期限内答复，供应商可以依法向相关部门投诉或寻求法律救济。
采购人：在收到质疑函后，应当及时进行审查并作出答复。如果确实未收到质疑函，但供应商能够提供其已经提交的证据，采购人应当积极与供应商沟通，了解情况并尽快作出答复。同时，采购人也应当加强内部管理，确保质疑函的及时接收和处理。
四、可能的法律后果
如果采购人无正当理由拒绝答复供应商的质疑函，或者未在规定期限内作出答复，那么供应商可以依法向相关部门投诉或寻求法律救济。这可能导致采购人面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。同时，这也将损害采购人的声誉和信誉，影响其未来的采购活动。
综上所述，采购人不可以仅以未收到质疑函为由不予回复。如果供应商已经按照法定程序提交了质疑函，并能够提供相关证据，那么采购人就需要依法进行答复。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。