针对您提出的问题“质疑回复函被质疑供应商拒收了，代理公司算回复了吗”，首先我们需要明确几个核心点：质疑回复函的法律效力、供应商拒收的影响，以及代理公司是否履行了回复义务。

结论前置：

• 如果代理公司已经按照法定程序和法律规定的内容发出了质疑回复函，即使供应商拒收，从法律上讲，代理公司已经履行了回复义务。
• 供应商拒收质疑回复函，不影响回复函的法律效力，也不代表代理公司未回复。

详细分析：

1. 质疑回复函的法律效力：

   • 质疑回复函是采购人或代理机构对供应商质疑的正式回应，具有法律效力。
   • 回复函的内容应当符合法律法规的要求，对质疑事项进行明确、具体的答复。

2. 供应商拒收的影响：

   • 供应商拒收质疑回复函，是其自身行为，不影响回复函的发出和法律效力。
   • 拒收行为不能作为质疑代理公司未回复的依据。

3. 代理公司是否履行了回复义务：

   • 代理公司只要按照法定程序和法律规定的内容发出了质疑回复函，即视为履行了回复义务。
   • 无论供应商是否接收，都不影响代理公司回复义务的履行。

法律依据：

• 根据《政府采购质疑和投诉办法》等相关法律法规，采购人或代理机构在收到供应商的质疑后，应当在法定期限内作出答复，并书面通知质疑供应商。
• 法律并未规定供应商必须接收质疑回复函，因此供应商拒收不影响回复函的法律效力和代理公司回复义务的履行。

建议与指导：

• 代理公司在发出质疑回复函时，应确保回复内容符合法律法规的要求，对质疑事项进行明确、具体的答复。
• 同时，建议代理公司保留好发出回复函的证据，如邮寄凭证、电子邮件记录等，以备不时之需。
• 如果供应商对质疑回复函有异议或不满，可以依法提起投诉或诉讼，但拒收回复函并不是解决问题的正确方式。

综上所述，即使质疑回复函被质疑供应商拒收了，从法律上讲，代理公司已经履行了回复义务。供应商拒收不影响回复函的法律效力，也不代表代理公司未回复。如果供应商有异议或不满，应通过合法途径进行解决。