针对您提出的“员工生病治疗期已满但是病还没有好，不能上班，公司不同意协商该怎么办”的问题，以下是我的详细解答：
一、明确法律依据与责任界定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第一项规定，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。
- 同时，《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等法规对医疗期的计算、待遇及解除劳动合同的条件等作出了具体规定。
责任界定：
- 医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同，且需按照相关规定支付病假工资或疾病救济费。
- 医疗期满后，若员工仍不能上班，用人单位需与员工协商处理后续事宜，包括是否继续留用、调整岗位或解除劳动合同等。
二、公司不同意协商时的应对策略
评估自身状况：
- 您应首先了解自己的具体病情和康复情况，评估自己是否能从事原工作或公司另行安排的工作。
- 如果病情确实需要更长时间恢复，且符合相关法律法规的规定，您可以考虑向公司提出延长医疗期的请求。但需注意，延长医疗期并非无限期，需根据实际情况和法律法规进行。
主动沟通协商：
- 尽管公司不同意协商，但您仍应主动与公司沟通，表达自己的意愿和需求。
- 您可以提出调整工作岗位、提供远程办公机会等解决方案，以展示您希望继续为公司贡献的诚意。
了解自身权益：
- 您应了解自己的合法权益和法律法规的相关规定。若认为公司的处理方式存在不当之处，您可依法维护自己的权益。
- 例如，如果公司未经合法程序解除劳动合同，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
三、公司可能采取的措施及您的应对
公司可能解除劳动合同：
- 如果公司认为您确实无法继续从事原工作或另行安排的工作，且双方无法就其他解决方案达成一致，公司可能会依法解除劳动合同。
- 在此情况下，公司需提前三十日以书面形式通知您本人或者额外支付您一个月工资，并支付相应的经济补偿金（如有约定）。
您的应对：
- 如果您收到公司的解除劳动合同通知，应仔细审查通知内容是否符合法律法规的规定。
- 如果您认为公司的解除行为违法或程序不当，您可以及时收集证据并向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
四、特殊情况下的处理建议
如果病情属于工伤或职业病范畴：
- 若您的病情属于工伤或职业病范畴，您应按照相关法律法规的规定进行处理。
- 公司应承担相应的工伤保险责任，并为您提供必要的治疗和康复支持。在此情况下，公司不得随意解除劳动合同。
如果公司存在违法行为：
- 如果公司存在未支付病假工资、未依法缴纳社会保险费等违法行为，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
总结与建议：面对公司不同意协商的情况，您应首先评估自身状况并了解自身权益；其次主动与公司沟通协商并提出合理的解决方案；最后如果公司采取违法措施或您认为自身权益受到侵害时，及时收集证据并向相关部门投诉或申请仲裁以维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。