针对您提出的问题“企业员工加班时长超过法定时间是否需要填写自愿加班申请”，这实际上涉及到了企业加班管理的合法性和合规性问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确的是，无论员工是否自愿，企业都必须遵守《中华人民共和国劳动法》中关于加班时限的规定。该法规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，应与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊情况下，在保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。这一规定是强制性的，旨在保护劳动者的身体健康和休息权利。

接下来，我们分析员工自愿加班超过法定时限的情况：

1. 企业知晓并鼓励/强迫加班：

   • 如果企业明知员工自愿加班且超过法定时限，却未加以制止，甚至通过绩效考核、奖金发放等方式变相鼓励或强迫员工超时加班，那么企业将被认定为违法。在这种情况下，即使员工填写了所谓的“自愿加班申请”，也不能成为企业免责的理由。因为企业的行为已经违反了劳动法的强制性规定。

2. 企业不知情且无强迫：

   • 若企业确实不知道员工自愿加班，且没有通过任何方式促使或强迫员工加班，那么从法律责任的角度来看，企业通常不直接承担违法责任。但这里需要注意的是，企业有义务确保员工的工作时间和休息时间符合法律规定。如果企业未能履行这一义务，比如未提供足够的休息时间或未支付合法的加班费，那么即使员工是自愿加班，企业也可能因此承担法律责任。

3. 关于“自愿加班申请”：

   • 填写“自愿加班申请”本身并不直接决定企业是否违法。关键在于企业如何对待和处理这份申请。如果企业以此作为鼓励或强迫员工超时加班的依据，那么显然是违法的。如果企业只是将这份申请作为了解员工加班意愿的参考，并严格遵守法定加班时限和支付加班费等规定，那么这份申请本身并不构成问题。

综合建议：

• 对于企业而言，应严格遵守法定加班时限，不鼓励或强迫员工超时加班。同时，要确保支付合法的加班费和提供充足的休息时间。
• 对于员工而言，如果确实需要加班，应与企业进行充分沟通，并确保加班时间符合法律规定。同时，要保留好相关证据，如加班记录、加班费支付凭证等，以备不时之需。
• 无论是企业还是员工，都应加强法律意识，了解并遵守相关法律法规，以维护自身的合法权益。

总之，员工自愿加班超过法定时限并不意味着企业可以免责。企业必须严格遵守劳动法的规定，确保员工的工作时间和休息时间符合法律要求。