结论：机关事业单位未及时办理退休导致员工退出超时，要求员工退还超时工资是否合理，需分情况讨论，一般情况下，若非员工过错导致未及时办理退休，要求退还超时工资是不合理的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与原则
退休手续的办理责任：
- 根据相关法律法规，机关事业单位有责任及时为员工办理退休手续。这既是单位的法定义务，也是保障员工合法权益的重要体现。
工资支付原则：
- 工资是员工提供劳动后应得的报酬，其支付应遵循公平、合理、合法的原则。单位不得无故克扣或要求员工退还已支付的工资。
二、具体分析
非员工过错导致未及时办理退休：
- 如果由于机关事业单位的原因（如内部流程繁琐、人员疏忽等）导致员工未及时办理退休手续，那么员工在超时工作期间所获得的工资是其应得的劳动报酬。
- 在这种情况下，单位要求员工退还超时工资是不合理的，因为这违反了工资支付的原则，也损害了员工的合法权益。
员工过错导致未及时办理退休：
- 如果由于员工自身的原因（如未按时提交退休申请、提供虚假材料等）导致未及时办理退休手续，那么情况可能有所不同。
- 但即便如此，单位也不能直接要求员工退还超时工资。单位应首先与员工沟通，了解原因，并尝试通过协商解决问题。如果员工确实存在过错，且该过错导致了单位的经济损失，单位可以通过法律途径追究员工的责任，但要求退还工资并非直接且合理的解决方式。
三、法律建议
与单位沟通：
- 如果员工遇到机关事业单位未及时办理退休并要求退还超时工资的情况，首先应与单位进行沟通，了解具体原因和单位的立场。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径。
保留证据：
- 在整个过程中，员工应保留好相关证据（如工作记录、工资单、退休申请材料等），以便在需要时维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
- 如果机关事业单位无故要求员工退还超时工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求单位支付应得的工资并可能获得相应的赔偿。
- 如果单位的行为构成违法，还可能面临行政处罚或民事赔偿等法律后果。
综上所述，机关事业单位未及时办理退休导致员工退出超时，要求员工退还超时工资是否合理需分情况讨论。在非员工过错的情况下，要求退还工资是不合理的。员工应了解自己的权益，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。