结论前置：针对女方已起诉离婚，男方已分居三年且不同意离婚的情况，男方在举证时，主要可以从证明夫妻感情尚未破裂、分居并非因感情破裂导致以及自身对婚姻的积极态度等角度进行。以下是一些具体的举证建议：
证明夫妻感情尚未破裂：
- 提供共同生活的证据：尽管双方已分居三年，但男方可以尝试提供一些证据，如共同参加家庭活动的照片、视频，或者共同处理家庭事务的记录等，以证明双方在分居期间仍有联系，夫妻感情并未完全破裂。
- 展示关心与沟通：男方可以保存与女方的通信记录、短信、微信聊天记录等，证明自己在分居期间仍对女方有关心与沟通，试图修复夫妻关系。
- 证人证言：如果双方有共同的朋友或亲戚，他们可能了解双方的情况，男方可以请求他们出庭作证，证明夫妻感情并未破裂。
证明分居并非因感情破裂导致：
- 分居原因说明：男方需要详细说明分居的具体原因，如工作调动、学习需要、照顾老人等，并证明这些原因与夫妻感情破裂无关。
- 提供分居期间的证据：如租房合同、水电费缴纳记录等，证明男方在分居期间的生活状况，以及分居并非因感情破裂而主动选择。
展示自身对婚姻的积极态度：
- 表达挽回意愿：男方可以在法庭上明确表达自己对婚姻的积极态度，以及愿意为挽回婚姻所做出的努力。
- 提供改善关系的计划：男方可以制定一份详细的改善夫妻关系的计划，包括如何增加沟通、如何解决分居期间的问题、如何共同规划未来等，以证明自己对婚姻的重视和诚意。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。因此，男方在举证时，应围绕“夫妻感情尚未破裂”这一核心进行。
- 在举证过程中，男方应注意证据的合法性、真实性和关联性。证据必须合法取得，不能侵犯他人的合法权益；证据必须真实可靠，不能伪造或篡改；证据必须与案件事实相关联，能够证明男方的主张。
- 如果男方在举证过程中遇到困难或不确定如何操作，建议及时咨询专业律师（即我本人，刘季锋律师），以便获得更具体的法律指导和帮助。
可能法律后果：
- 如果男方能够成功举证证明夫妻感情尚未破裂，且法院认为双方仍有和好的可能，那么法院可能会判决不准离婚。
- 如果男方举证不力或法院认为双方感情确已破裂且无和好可能，那么法院可能会判决准予离婚。在这种情况下，男方应做好应对离婚后果的准备，如财产分割、子女抚养等问题。
希望以上建议能对男方有所帮助。如果有任何法律问题或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。