分居三年但对方仍不肯离婚的情况下，您可以选择通过诉讼离婚来解决这一问题。以下是详细且条理清晰的指导步骤，希望能帮助您更好地理解并正确操作这一过程：

一、确认法院管辖

首先，您需要向有管辖权的法院提起离婚诉讼。通常，这由被告住所地人民法院管辖；若被告住所地与经常居住地不一致，则由经常居住地人民法院管辖。

二、收集证据材料

这一步至关重要，您需要收集能证明夫妻感情已破裂、分居时间满三年以及导致分居的具体原因等证据。具体包括：

• 分居证据：如租房合同、水电费缴纳记录、居委会或物业证明等，以证明双方分开居住的情况。
• 通讯记录：如聊天记录、邮件等，证明双方长时间无联系或沟通不畅。
• 其他证据：如证人证言（邻居、朋友等了解分居情况的人的证言）、双方签订的分居协议、聊天记录等，进一步证明感情破裂和分居事实。
• 同时，准备好双方的身份证明与婚姻关系证明，如身份证复印件、结婚证等。

三、了解法律规定

详细研读当地的婚姻法及相关司法解释，特别是关于分居时间和感情破裂作为离婚理由的具体规定。这将为您的诉讼提供有力的法律支持。

四、寻求专业法律帮助

考虑咨询并委托专业的婚姻律师。他们可以提供法律意见、分析案情、准备诉讼材料，并在法庭上为您辩护，大大增加诉讼的成功率。

五、提起诉讼

向有管辖权的法院提交起诉状和证据材料。起诉状需明确阐述诉讼请求（即要求离婚）以及事实和理由（包括分居时间、感情破裂的证据等）。确保起诉状内容清晰、详实，以便法院能够准确理解您的诉求。

六、法院调解与审理

• 调解：法院受理案件后，会先进行调解。这是离婚诉讼的必经程序。调解可能达成和好、离婚协议，或者进入审理程序。
• 审理：如果调解不成，双方当事人需出庭参加诉讼，陈述自己的观点并提供证据。法院会对证据进行审查判断，并根据法律规定和审理查明的事实作出判决。

七、接受判决结果

尊重并接受法院的判决。如果法院认为夫妻感情确已破裂且符合离婚条件，会依法判决离婚。如果认为还有和好可能或证据不足，可能会驳回离婚请求。对一审判决不服的，您可以在规定时间内向上一级法院提起上诉。

注意事项

• 保持冷静和理性，诉讼离婚是一个相对复杂且耗时的过程，需要做好心理准备。
• 积极配合律师的工作，提供真实、完整的证据材料。
• 尊重对方的陈述和权利，在庭审过程中保持礼貌和尊重。

通过以上步骤，您可以更有条理地推进诉讼离婚的过程，并增加成功的可能性。希望这些建议能对您有所帮助。